主要就是概念上的區別：
馬蠅效應是源於美國前總統林肯的故事，簡述再懶惰的馬，只要身上有馬蠅叮咬，它也會精神抖擻，飛快奔跑，這就是著名的“馬蠅效應”。?
鯰魚效應是指鯰魚在攪動小魚生存環境的同時，也激活了小魚的求生能力。鯰魚效應是采取壹種手段或措施，刺激壹些企業活躍起來投入到市場中積極參與競爭，從而激活市場中的同行業企業。
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馬蠅效應來源於美國前總統林肯的壹段有趣的經歷。1860年大選結束後幾個星期，有位叫作巴恩的大銀行家看見參議員薩蒙·波特蘭·蔡思從林肯的辦公室走出來，就對林肯說："妳不要將此人選入妳的內閣。"
林肯問："妳為什麽這樣說？"巴恩答："因為他認為他比妳偉大得多。""哦，"林肯說，"妳還知道有誰認為自己比我要偉大的？""不知道了。"巴恩說，"不過，妳為什麽這樣問？"林肯回答："因為我要把他們全都收入我的內閣。