雙孢菇含有豐富的氨基酸、蛋白質，味道鮮美。但是由於它的呼吸作用旺盛，在常溫下很快開傘、褐變、變味、品質敗壞，只能作短期貯藏。磨菇貯藏的適宜條件為2-4度和90%的相對濕度，蘑菇的失水與黑柄和開傘有關，用薄膜包裝或保持相對濕度高於95%可減少失水。氣調貯藏可抑制蘑菇褐變，控制在2--4％的氧和5--10%的二氧化碳有利於保持蘑菇的白色和延長貯藏壽命。采用鹽水、檸檬酸、抗壞血酸、二氧化硫或蒸汽熱處理均能鈍化多酚氧化酶活性，防止酶促褐變；貯存時應避免用金屬容器裝菇，以防產生非酶促褐變。
因此雙孢菇不宜放置太久，如果雙孢菇變色了，就要及時處理掉，不要再食用了。