發芽馬鈴薯中容易產生茄堿的有毒成分。即使將發芽的組織與未發芽的其他部分切斷，龍葵堿的毒性成分也可能增加，可能導致毒性成分進入消化系統，食用後進入體內，容易造成體內食物中毒的危害，使用身體時惡心、幹嘔、腹痛，還可能引起腹瀉、全身發熱、頭暈、頭痛。其中的大部分營養成分已被破壞，食用後無法補充人體營養和健康，所以發芽的土豆切掉發芽部分後不能食用，有利於減少不良反應和危害性。
通常情況下，土豆應存放在幹燥陰涼的地方，有利於延長存放時間，防止發芽，降低因食用發芽土豆而中毒的風險。土豆壹般可以通過多種方式攝入，如涼拌或烹飪、煲湯等，對健康大有裨益，減少危害。