瓊脂糖凝膠電泳可以通過限制性內切酶多態性(rflp)或擴增片段多態性(aflp)對檢測的dna進行鑒定。即不同dna被特定的限制性內切酶切割的片段大小不同，瓊脂糖凝膠電泳跑出的條帶也不同。如果是同壹個dna，結果是壹樣的。
原則
瓊脂糖凝膠電泳與其他支持物電泳的主要區別在於它具有“分子篩”和“電泳”的雙重功能。
瓊脂糖凝膠具有網狀結構，物質的分子通過時會受到阻力，大分子湧動時會受到很大阻力。所以在凝膠電泳中，帶電粒子的分離不僅取決於凈電荷的性質和數量，還取決於分子的大小，大大提高了分辨率。但由於其孔徑與蛋白質相比過大，對大多數蛋白質而言，其分子篩效應可忽略不計，目前廣泛應用於核酸研究。