1，外觀不壹樣，肉豆蔻是球形的，身上會有裂痕，或者是屬於從內到外裂開的那種。肉豆蔻是橢圓形的，通常從根部裂開。
2.產地範圍不同。小豆蔻廣泛產於熱帶地區，肉豆蔻產於東南亞。
3.不同科屬，砂仁又稱為砂仁、豆蔻等。它屬於姜科植物砂仁的幹果，約有20至30粒種子。豆蔻是屬於桃金娘科的肉豆蔻的仁。它的別名是丁香、玉果、煨肉豆蔻等。裏面會有壹顆種子，叫做肉豆蔻。
知識擴展:
白口和肉口都屬於豆蔻。說起豆蔻年華，我們常用“豆蔻年華”比喻十三四歲的少女。中藥有四種命名為“豆蔻”，除了豆蔻，其他三種分別是豆蔻、豆蔻、肉豆蔻。四味藥均富含揮發油，氣芳香，性溫，作用於中焦。由於名稱相似，功能相似，臨床應用相似，所以略有不同。