事實上，健脾丸還含有山藥、陳皮和砂仁，以加強脾胃功能；歸脾丸還有桂圓肉，炙甘草補血滋補。此外，同壹種藥的用量也不同:健脾丸重用黃芪、山藥，旨在健脾益氣；歸脾丸重用當歸、人參養血益氣。
由於使用的藥物不同，上述兩種藥物的作用也不同。健脾丸具有健脾益氣、和胃止瀉的功效，主要用於脾胃虛弱所致的惡心嘔吐、腹痛便溏、食少乏力。歸脾丸具有補益氣血、健脾養心的功效，主要用於心脾兩虛、氣血兩虛所致的心悸、失眠、健忘、納差、倦怠、便血、崩漏、帶下等癥。所以，
健脾丸強調健脾理氣，歸脾丸強調補氣養血。