如果保守治療失敗,還應該選擇手術治療方法,手術治療有多種,有單純囊腫切除,還可以進行卵巢和輸卵管病竈部位切除。由於子宮內膜是巧克力囊腫發生源泉,所以壹種更加激進的治療方法是同時切除子宮。手術方式的選擇應該根據患者的要求、癥狀選擇適當的方法。
沒有生育要求的女性可以進行保守性手術,甚至切除子宮,切除子宮後復發率是大大下降的。對於有生育要求的患者,應該在保守性剔除卵巢巧克力囊腫之後,進行積極助孕治療,包括試管嬰兒、人工授精、促排卵,能夠在巧克力囊腫復發之前,達到生育願望。