首先，黃鱔和泥鰍的科屬不同。黃鱔屬於海龍科、海龍科、黃鱔和泥鰍屬，泥鰍屬於鯉形目、鯉形目、泥鰍亞科和泥鰍屬。
區別二:造型不同。
黃鱔的形態與泥鰍不同。黃鱔體長較大，頭長而圓，形似蛇，前圓後平尾，頭比身體略粗，嘴大。上顎略突出，唇相當發達，而泥鰍則小而細長，呈長圓柱形，尾扁平，下口呈馬蹄形，背部和背側灰黑色，有小黑點，背鰭和尾鰭。
區別三:分布不同。
黃鱔和泥鰍的分布是不同的。黃鱔廣泛分布於全國各地的湖泊、河流、水庫、池塘、溝渠等水體中，主要分布在珠江流域和長江流域，國外主要分布在泰國、印度尼西亞、菲律賓等地，而泥鰍在我國分布更為廣泛。除青藏高原和西藏林芝外，幾乎分布在全國各地的稻田、池塘、湖泊和水庫等天然淡水水域，主要分布在長江和菲律賓。