病變嚴重復發時可出現意識障礙、腦神經麻痹、四肢癱瘓、大小便失禁、驚厥等癥狀。當疾病發展時，患者可能會陷入深度昏迷，表現出大腦或皮層缺陷的狀態。有時病變可局限於腦幹、脊髓等部位，引起相應癥狀，分別稱為腦幹炎癥或脊髓炎。
因為病毒類型不同，腦炎的表現也不同。日本腦炎發病率高，進展快，致殘率和死亡率高。單純皰疹病毒引起的人類病情也很嚴重。腦部不僅有炎癥和水腫，還有出血和壞死。預防腦炎早期發現患者，及時隔離患者直至體溫正常。註意病情變化，觀察體溫、脈搏、呼吸、血壓、瞳孔大、呼吸節律異常等體征。消除蚊蟲孳生地，采取預防滅蚊措施，切斷傳播途徑。
提高人群免疫力，對易感人群，特別是10歲以下的兒童定期接種疫苗，壹般在流行季節前1-2個月。如有癱瘓，可給予按摩，促進肢體功能恢復。預防腦炎，尤其是壹些傳染性腦炎，需要打壹些相應的疫苗。除了接種疫苗，患者平時還需要加強體育鍛煉，可以提高免疫力。
平時註意休息，避免疲勞，避免情緒激動和精神緊張，避免感冒，尤其是季節交替時，註意保暖，避免因病毒或細菌感染而感冒。因為腦炎往往是在人體抵抗力比較差的時候，病毒或細菌侵入中樞神經系統，導致中樞神經系統的炎癥反應，從而引起腦炎的癥狀，所以腦炎患者壹定要註意保暖，避免感冒。