菌藻食品富含蛋白質、膳食纖維、糖類化合物、維生素和微量元素。發菜、香菇、蘑菇中蛋白質含量最豐富，占20%。蛋白質中氨基酸的組成比較均衡，必需氨基酸的含量占蛋白質中總量的60%以上。脂肪含量較低，約為1.0%。糖類化合物的產量可達20%~35%，因此發菜的糖類化合物產量可以更高，達到35%左右。胡蘿蔔素含量差異較大，紫菜和蘑菇中含量較高，其他菌類和藻類中含量較低。維生素B1和維生素B2的含量也相對較高。微量元素豐富，尤其是鐵、鋅、硒，是其他食物的幾倍甚至十幾倍。在海洋植物中，如海帶、紫菜等，碘也很豐富，海帶(幹)中的碘含量可達每100g·g 36mg。
菌藻食品的合理利用
菌藻食品除了提供豐富的營養外，還具有明顯的保健功能。研究發現，蘑菇、香菇、銀耳中含有多糖，能提高人體免疫功能，具有抗腫瘤作用。香菇中含有香菇嘌呤，能抑制體內膽固醇的形成和吸收，促進膽固醇的分解和排泄，具有降血脂的作用。黑木耳能抗血小板聚集和降低凝血，減少血栓，防止血栓形成，有助於預防動脈粥樣硬化。由於海帶中含有大量的碘，臨床上常被用來治療缺碘性甲狀腺腫。海帶中的海藻酸鈉可以預防白血病和骨癌。
另外，食用食用菌和藻類時，也要註意飲食衛生，防止食物中毒。比如銀耳容易被遠緣黃桿菌汙染，食用被汙染的銀耳就可能發生食物中毒。食用海帶時，要註意用水浸泡，因為海帶中砷含量高，每公斤可達32~50mg，大大超過國家食品衛生標準(0.5mg/kg)。