瓊脂糖凝膠電泳的原理是利用凝膠孔徑的差異來分離生物大分子。瓊脂糖是壹種多糖，能在水中形成類似凝膠的網絡結構，其中孔徑大小與瓊脂糖的濃度成反比。當對凝膠施加電場時，帶電分子會向電場方向遷移，但由於凝膠孔徑的限制，分子的遷移速率會與其分子大小成反比，從而實現分離。
瓊脂糖凝膠電泳的影響因素包括以下幾個方面:
凝膠濃度:凝膠濃度決定凝膠的孔徑大小。通常使用不同濃度的瓊脂糖來適應不同大小的靶分子。低濃度瓊脂糖凝膠適合分離較大的分子，高濃度瓊脂糖凝膠適合分離較小的分子。
電場強度:電場強度決定了分子的遷移速率。壹般來說，較高的電場強度可以加快遷移速度，但也會增加熱量和凝膠溶解的風險。適當選擇電場強度可以達到良好的分離效果。
緩沖液的pH值:緩沖液的PH值對凝膠電泳的分離效果有影響。通常使用含有緩沖劑的緩沖溶液來維持適當的pH值，以確保目標分子保持帶電並穩定分離。
運行時間:運行時間決定了分子在凝膠中的遷移距離，通常根據目標分子的大小和凝膠的孔徑大小來確定合適的運行時間。
樣品處理:樣品的預處理也會影響瓊脂糖凝膠電泳的結果。比如DNA電泳，需要限制性內切酶切割和核酸染色。
這些因素的合理選擇和操作，可以使瓊脂糖凝膠電泳達到良好的分離效果，成功地分析目標生物大分子。