正常狀態的脊椎動物，以魚為例，有壹條呈水平位置的長軸。前端是頭，所有感覺器官都集中在它裏邊。脊椎不是由軟骨就是由硬骨構成，沿著脊椎的兩側除肋骨外，還有成對的鰭，通過肩帶和腰帶與身體相連，用作導航和平衡，或者推動身體前進。脊椎動物的壹個主要特征是它的脊神經髓、循環和消化系統的位置。脊神經位於脊索或脊柱的上方，而循環和消化則位於脊柱下方。魚類用鰓來進行呼吸，除了最原始的類型外，所有的魚類都有頜，是由前面第三對鰓弓轉變而來的。
把文昌魚的結構與正常狀態下的具有脊椎的魚的結構進行比較不難看出，它們之間是何等的相似。只要大自然把文昌魚的結構稍微進行加工和改造，就是壹個十分完美的真正的魚了。因此，文昌魚構造上十分接近壹切脊椎動物的***同祖先，它很可能在很早很早就出現了，但在漫長的時間裏，由於它安於現狀不求上進，所以在進化上沒有發生多大變化。但是，至少我們可以通過文昌魚，看到所有現生脊椎動物，包括人類在內距今6億年前的祖先大致是壹個樣子的。
早期魚類
現知最早的魚類化石，是約5億年前的壹些零散的鱗片。最早出現的魚類是無頜魚類，它們沒有上下頜，只有壹個漏鬥式的口位於身體前端，不能主動攝食。最早的有頜魚類是盾皮魚類，它們已有上下頜，能主動攝食。最早的軟骨魚類出現於3億年前泥盆紀早期，裂口鯊常被視為最原始類的代表之壹。硬骨魚類是最進步的魚類，壹般認為，它們從4億年前的棘魚進化而來。