區別在於：奶牛的處理方式不同、營養價值不同、生產過程不同。
1、奶牛的處理方式不同：有機牛奶與普通牛奶的不同主要在於奶牛的飼養方式、飼料和牛奶處理過程，有機奶強調的是 “純天然無汙染”，生產加工過程中嚴禁使用化肥、農藥、激素、生長調節劑、飼料添加劑、食品添加劑等人工合成的化學物質，乳牛要自然放牧，包裝、貯藏、運輸也都要嚴格遵照有機食品的相關標準。
2、營養價值不同：有機牛奶營養價值更高、更安全、更有利於健康、乳香更濃，營養學家的研究進壹步證實了有機牛奶的營養價值明顯高於普通牛奶。它的維生素E含量比普通牛奶高10%，β―胡蘿蔔素的含量比普通牛奶高75%。歐米咖―3脂肪酸和抗氧化成分的含量更是高出普通牛奶2―3倍。
3、生產過程不同：有機食品強調的是生產全過程質量控制，有機奶是按有機標準生產，並經第三方嚴格認證的“最健康，最天然，最安全”的奶制品，是最好的牛奶。
擴展資料：
有機食品的判斷標準：
1、原料來自於有機農業生產體系或野生天然產品；有機食品必須通過合法的有機食品認證機構的認證。
2、有機食品在生產和加工過程中必須嚴格遵循有機食品生產、采集、加工、包裝、貯藏、運輸標準，禁止使用化學合成的農藥、化肥、激素、抗生素、食品添加劑等，禁止使用基因工程技術及該技術的產物及其衍生物。
3、有機食品生產和加工過程中必須建立嚴格的質量管理體系、生產過程控制體系和追蹤體系，因此壹般需要有轉換期；這個轉換過程壹般需要2-3年時間，才能夠被批準為有機食品。
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