1，兩者同屬壹科但在生物學上屬於不同的屬和目。
黃花魚，屬於魚科。因魚頭內有兩塊堅硬的石頭，故名“石頭魚”，而黃姑魚屬於硬骨魚綱，鱸形目，黃姑魚。石首魚科，黃姑魚。
2.不同的物理特性
黃魚分為大黃魚和小黃魚，外形相似。其特征在於大黃魚的尾柄細長，鱗片小，體長40-50厘米，椎骨25-27塊；小黃魚尾柄短，鱗片大，體長約20厘米，有28 ~ 30節椎骨。
黃姑魚體長壹般為20~25厘米，呈長方形，側面扁平。大頭。吻部短而鈍，灰橙色，側面有多條灰黑色波狀條紋，向前下方傾斜，側線不連續，腹面銀白色。背鰭呈灰橙色，每條鰭基部有1個黑點。胸鰭、腹鰭、臀鰭為淡橙色，基部為淡紅色。尾鰭是橙色的。
3.不同的飲食習慣
黃花魚的食性比較雜，主要以魚蝦為食。黃姑魚主要以底棲生物為食。
4.不同的發聲能力
大黃魚不會發聲，但是大黃魚有發聲的能力，尤其是在繁殖高峰期。
擴展數據:
黃花魚和黃花魚的營養價值
1，黃魚
富含微量元素硒，能消除人體新陳代謝產生的自由基，延緩衰老，防治各種癌癥。
2.黃姑魚
黃姑魚每100克能量為137千卡，蛋白質18.4克，脂肪7克，膽固醇166毫克，硫胺素0.04毫克，核黃素0.09毫克，煙酸3.6毫克，維生素E1.09，鈣94毫克，磷。
參考來源:百度百科-皇姑魚
參考來源:百度百科-黃魚