此病流行於中國、日本、菲律賓等地。中國見於長江流域和長江以南13個省、市、自治區的333個縣市。臺灣省沒有人感染日本血吸蟲。這種疾病的流行必然有以下三個環節:
(1)感染日本血吸蟲病人的糞便中含有活蟲卵，是本病的主要傳染源。水汙染的主要原因是船工的排泄物直接排入河中，居民在河邊洗廁所。到處拉屎，河邊的糞坑，用未經處理的新鮮糞便施肥，被雨水沖到河裏，造成水汙染。病畜(牛、羊、狗)、鼠含蟲卵，隨糞便排出，汙染水源。
釘螺:日本血吸蟲唯壹的中間宿主，是該病傳播過程中的主要環節。釘螺喜歡生活在水岸附近，在湖沼和蘆灘窪地最為常見。在平原地區，它滋生於土壤肥沃、雜草叢生、水流緩慢的潮濕陰處。溝渠最多，其次是岸邊，稻田最少。釘螺感染率在秋季最高。
(2)傳播途徑主要是通過皮膚粘膜接觸和感染水。多因遊泳、洗澡、洗衣服、洗菜、淘米、釣魚捉蟹、赤腳經過釘螺疫區而感染。尾蚴侵入的數量與皮膚暴露面積、接觸疫水的時間長短和次數成正比。有時在飲用受汙染的水或漱口時被侵入口腔黏膜的尾蚴感染。
(3)易感人群和脊椎動物壹般易患血吸蟲病，疫區學齡兒童和青少年感染率最高，之後逐漸下降，與保護性免疫有關。