艾滋病患者腹瀉的主要病變是腸道。常見的病原體有細菌、原蟲、病毒、真菌等。其中原蟲(主要是隱孢子蟲)感染約占艾滋病腹瀉總數的40%，多為急性腹瀉，表現為大量水樣腹瀉和脂肪性腹瀉，有或無腹痛，壹天10次以上，量多為幾升。還有的患者反復發作間歇性腹瀉，不持續數月或數年，排便頻率壹天5-6次以上。患者常出現水電解質紊亂、酸中毒、體重下降、消瘦、嚴重營養不良、低蛋白血癥等。，而患者往往死於嚴重的衰竭。
艾滋病腹瀉的特點:
1.排便的頻率明顯超過平時的頻率。排泄物稀薄，水分增多。每日排便量超過200g，或含有未消化的食物或膿液、粘液。腹瀉常伴有排便急迫、肛門不適、大小便失禁等癥狀。
2、艾滋病腹瀉分為急性和慢性兩大類。急性腹瀉發病迅速，病程在2 ~ 3周內。慢性腹瀉是指病程超過兩個月或間歇期為2-4周的復發性腹瀉。
3.艾滋病窗口期腹瀉的藥物治療效果不明顯，壹般持續1-2周。艾滋病腹瀉要找到病因對癥下藥，否則會有生命危險。
4.除腹瀉外，常伴有消瘦、厭食、發熱、惡心、腹痛或吞咽困難。
艾滋病腹瀉的概率可達50-90%，發病特點為遷延不愈(好幾個月)，水樣便，壹天最多10次，患者消瘦等。艾滋病腹瀉會導致感染者死亡，雖然這不是致命的感染，但也不容忽視。艾滋病患者可以因為腹瀉而更加消瘦、營養不良，所以快速治愈腹瀉癥狀，對艾滋病進行抗病毒治療，可以使感染者恢復正常。