瓊脂糖凝膠可以區分相差約100bp的DNA片段。雖然其分辨率低於聚丙烯酰胺凝膠，但易於制備，分離範圍廣，特別適合分離DNA的大片段。普通瓊脂糖凝膠分離DNA的範圍為0.2-20kb，脈沖電泳可分離高達10 7bp的DNA片段。
瓊脂糖凝膠的特性
天然瓊脂(瓊脂)是壹種多糖，主要由瓊脂糖(約80%)和瓊脂凝膠組成。瓊脂糖是由半乳糖及其衍生物組成的中性物質，不帶電荷，而瓊脂凝膠是含有硫酸根和羧基的強酸性多糖。因為這些基團是帶電荷的，在電場的作用下可以產生很強的電滲作用，硫酸根可以和壹些蛋白質相互作用，從而影響電泳速度和分離效果。因此，目前瓊脂糖被廣泛用作平板電泳的電泳支持物，其優點如下。
(1)瓊脂糖凝膠電泳簡單快速，樣品無需預處理即可電泳。
(2)瓊脂糖凝膠結構均勻，含水量高(約98%~99%)，近似自由電泳，樣品擴散電流相對自由，對樣品的吸附最小，因此電泳圖譜清晰，分辨率高，重復性好。
(3)瓊脂糖透明，無紫外吸收，電泳過程和結果可用紫外燈直接檢測和定量測定。
(4)電泳後區帶易染色，樣品易洗脫，便於定量測定。制備幹膜可以長期保存。
目前，瓊脂糖常用作分離蛋白質和同工酶的電泳支持物。將瓊脂糖電泳與免疫化學相結合，發展了壹種免疫電泳技術，它可以識別用其他方法不能識別的復雜系統。由於超微技術的建立，可以檢測0.1ug的蛋白質。
瓊脂糖凝膠電泳也常用於分離和鑒定核酸，如DNA鑒定和DNA限制性內切酶作圖。該方法操作方便、設備簡單、樣本量小、分辨率高，已成為基因工程研究中常用的實驗方法之壹。