種植前應進行土壤消毒。土壤消毒是壹種高效快速的技術，可以殺滅土壤中的真菌、細菌、線蟲、雜草、土傳病毒、地下害蟲和嚙齒動物。它可以解決高附加值作物的復種問題，顯著提高作物的產量和品質。山東省壽光市在夏季休耕期間，利用高溫熏蒸大棚技術對土壤進行消毒，改善了土壤質量。
在選擇有機蔬菜種植地時，土地要有良好的完整性，不能有常規生產的地塊。常規地塊與同壹種植基地之間，應設置好標線。在生產上，要規範有機生產，嚴格操作標準。根據有機肥生產是有機蔬菜種植過程中需要解決的部分，在實際有機蔬菜種植中，需要能夠通過應用適當的措施來測試土壤肥力，並規範有機肥的使用。要嚴格診斷土壤，根據土壤特點確定適宜的施肥技術，在合理用肥的條件下，構建合理科學的蔬菜施肥體系。
玉米、小麥、水稻稭稈和蔬菜殘體，如廢棄物和畜禽糞便，經粉碎和微生物菌劑混堆發酵，生產綠色高效的蔬菜生產有機肥，或在設施中采用“稭稈生物反應器”模式，提高地溫，增加二氧化碳，增強光合作用，抑制土壤次生鹽漬化，實現蔬菜廢棄物的循環利用和農村清潔生產。土壤有機質含量每年增加0.2% ~ 0.3%，理化性質明顯改善。