1、透析和滲濾：
主要利用半透膜
透析是將待分離的混合物放入半透膜制成的透析袋中，再浸入透析液進行分離。超濾是利用離心力或壓力強行使水和其它小分子通過半透膜，而蛋白質被截留在半透膜上的過程。
這兩種方法都可以將蛋白質大分子與以無機鹽為主的小分子分開。它們經常和鹽析、鹽溶方法聯合使用，在進行鹽析或鹽溶後可以利用這兩種方法除去引入的無機鹽。由於超濾過程中，濾膜表面容易被吸附的蛋白質堵塞,以致超濾速度減慢,截流物質的分子量也越來越小。所以在使用超濾方法時要選擇合適的濾膜,也可以選擇切向流過濾得到更理想的效果。
2、離心
離心也是經常和其它方法聯合使用的壹種分離蛋白質的方法。當蛋白質和雜質的溶解度不同時可以利用離心的方法將它們分開。例如，在從大米渣中提取蛋白質的實驗中，加入纖維素酶和α-澱粉酶進行預處理後，再用離心的方法將有用物質與分解掉的雜質進行初步分離。
3、凝膠過濾
凝膠過濾也稱凝膠滲透層析,是根據蛋白質分子大小不同分離蛋白質最有效的方法之壹。
凝膠過濾的原理是當不同蛋白質流經凝膠層析柱時，比凝膠珠孔徑大的分子不能進入珠內網狀結構,而被排阻在凝膠珠之外，隨著溶劑在凝膠珠之間的空隙向下運動並最先流出柱外；反之,比凝膠珠孔徑小的分子後流出柱外。目前常用的凝膠有交聯葡聚糖凝膠、聚丙烯酰胺凝膠和瓊脂糖凝膠等。