包子的起源，可以在宋代高成編的《物本原》中找到:“諸葛亮南征，以面畫人頭為祭”。
相傳諸葛亮七手七腳攻下孟獲後，到了瀘水，軍隊無法渡河，就把牛羊肉切成肉泥拌成肉餡，用面粉包起來做成人頭的樣子，祭祀後軍隊順利渡河。這種祭祀被稱為“頭曼”，也叫頭曼，後來又被稱為“饅頭”。
唐宋時期，饅頭逐漸成為殷富家庭的主食。不僅中原的漢人喜歡吃，遼國的契丹貴族也視其為美味。
南宋《孟良酒家記》記載，酒家專做灌漿小籠包、薄皮春繭小籠包、蝦米小籠包等。這裏所說的“寶兒”應該是方言中的“包子”。這個時候包子的餡料已經很豐富了，但還是包子和饅頭，沒有具體分。
到了清朝，饅頭和小籠包終於有了明確的區分。《清稗筆記》中記載，饅頭作為饅頭的頭，沒有餡，吃的時候必須配菜。南方所謂的饅頭，也是用面包屑發酵蒸熟，脹成圓形，其實就是小籠包、饅頭，宋代就有了。
時至今日，北方和南方對包子的稱呼依然不同，餡料和口味也各不相同。北方人膽子大，包子的餡料選擇更是粗糙。胡蘿蔔、海帶、粉條、雞蛋、茄子、豆幹、酸菜都可以塞，口感酥脆或生吃。南方人細膩溫潤，崇尚輕小的飲食習慣，似乎不太註重飽腹感，追求精細的制作標準，要求皮薄不漏汁，以顯示高超的制作技藝。