中國古籍記載“中國自秦漢以來就有納豆”，在奈良、平安時期傳入日本。日本獨特的風俗非常適合納豆的發展壯大。日本人不斷改進納豆的制作技術，從豆豉到醬油，用醬油代替鼓汁。
從洗泡、蒸煮、接種到發酵，納豆的形成分為四個步驟。工匠們會從壹開始就嚴格控制大豆的質量。飽滿的大豆種子經過嚴格的淘洗工藝浸泡，期間納豆會膨脹到原來重量的2.1~2.3倍。在這個過程中，要保證連豆子的中心部分都泡透，才能保證口感。然後蒸。通常時間會控制在壹個小時左右。工匠會根據具體情況調整時間，保證豆子的溫度。時間不能太長，以免糖分和氨基酸流失，最大限度的保留顏色。接下來，還有壹個重要的接種步驟。這時，納豆生產中的關鍵人物——納豆芽孢桿菌終於問世了。它會在有壹定溫度的時候和豆子混合，它會和豆子牢固的結合在壹起。然後密封送入專門的發酵室進行發酵。嚴格的溫濕度控制是納豆形成的關鍵。發酵16-18小時後，形成納豆。
作為飯後點心，做水果沙拉時也可以加點納豆，拌上水果丁和沙拉醬，味道鮮美。納豆激酶進入體內後，其活性可維持12小時。專家建議，晚餐最好吃納豆。這是因為腦梗塞、心肌梗塞等血栓形成通常發生在淩晨和周壹。所以每天晚上或者周日晚餐最好吃納豆。納豆激酶可在食用納豆後1小時至12小時內溶解血栓。同時要堅持每天吃，最理想的是每天吃30克到100克。