容易被雜菌汙染。自制“果酶”采用自然發酵，類似於自制葡萄酒，但用於發酵的水果並不僅限於葡萄。水果在發酵過程中容易被雜菌(如真菌)汙染，所以家裏生產的“果酶”可能只是“發黴水果浸泡的水”。
亞硝酸鹽和甲醇比較多。眾所周知，腌菜等食物中含有大量的亞硝酸鹽。使用自然發酵的水果酵素，由於菌種難以控制，往往會產生較多的亞硝酸鹽；由於工藝限制，也可能產生更多的甲醇。
含糖量高。制作“果酶”時，往往需要添加大量的糖，含糖量通常在10%以上。喝多了會增加糖分攝入。這種“酵素”不適合家裏有肥胖和糖尿病的人。
擴展數據
酵素不如直接吃水果有營養。
酶其實就是壹種酶。當多種水果和糖放在壹起密封發酵時，細菌會分解水果中含有的果膠、有機物、維生素和碳水化合物，就像腌制鹹菜和釀造葡萄酒的原理壹樣。“除了發酵所需的酵母或乳酸菌，水果表面還有其他有害微生物。”
家裏自制的果酶缺乏殺菌消毒，稍有不慎就會讓雜菌在發酵過程中迅速滋生，服用後很可能傷害腸胃。“解毒、抑癌等。最初是壹些水果的影響。把這些歸為酶的魔力是不科學的。”
新鮮水果富含膳食纖維、維生素和礦物質。經過切割糖化發酵後，很多營養成分會被破壞或流失。還不如直接吃水果，最大程度的吸收水果中的營養。
人民網-自制酵素謹防細菌超標
人民網-水果酵素效果神奇嗎？專家說，吃水果比喝酵素好。