主要區別是，科目分類不同、形態特征不同、生活習性不同，具體如下：
壹、科目分類不同
1、大黃米
大黃米，別名軟黃米、黍米。屬禾本目、禾本科、黍屬、黍種。
2、小黃米
小米又稱粟米、小黃米、黃小米，北方稱谷子。屬莎草目、禾本科、狗尾草屬、粱種。
二、形態特征不同
1、大黃米
稈直立，單生或少數叢生，高60～120厘米，有節，節上密生髭毛。葉鞘松弛，被疣毛。圓錐花序，開展或較緊密，成熟則下垂，分枝具角棱，邊緣具粗糙刺毛，下部裸露，上部密生小枝與小穗；小穗卵狀橢圓形，穎紙質。穎果圓形或橢圓形，平滑而有光澤，長約3毫米，乳白、淡黃或紅色。 種子白色、黃色或褐色，性粘。
2、小黃米
壹年生。須根粗大。稈粗壯，直立，高0.1-1米或更高。葉鞘松裹莖稈，密具疣毛或無毛，毛以近邊緣及與葉片交接處的背面為密，邊緣密具纖毛；葉舌為壹圈纖毛；葉片長披針形或線狀披針形，先端尖，基部鈍圓，上面粗糙，下面稍光滑。圓錐花序呈圓柱狀或近紡綞狀，通常下垂，基部多少有間斷，主軸密生柔毛，剛毛顯著長於或稍長於小穗，黃色、褐色或紫色；小穗橢圓形或近圓球形，黃色、桔紅色或紫色。
三、生活習性不同
1、大黃米
大黃米適於貧瘠幹燥土壤生長。在中國黍子栽培大體以山西-陜西省界（約為東經110度）為界，以東的華北、東北地區以糯性黍子為主，以西的陜西、甘肅、寧夏等地以粳性黍子為主。
2、小黃米
小米生育期僅 80 d 到130 d 之間，具有耐旱、貧瘠土壤和耐儲藏的優勢，適合在幹旱而缺乏灌溉的地區生長 。
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