轉基因大豆油跟非轉基因大豆油主要的區別就在於營養和價格，轉基因大豆油的價格壹般都比較便宜，而非轉基因大豆油肯定對身體更健康。現在依然有不少人在反對轉基因食品，就是因為現在對於轉基因食品的危害還沒有定論。
轉基因食品的隱患雖然現在科學家還沒有確定轉基因食物有沒有危害，但是有壹些潛在的隱患還是持有懷疑的態度的。首先就是質疑轉基因產品的毒性問題，為了提高大豆的抗蟲性，轉基因大豆中添加了壹些抗蟲基因，但是這些基因很可能會對人體造成危害。其次轉基因大豆中加入了壹些抗性蛋白，主要也是為了抗蟲，而過敏體質的人對抗性蛋白非常敏感，所以說很可能會引起過敏反應。
轉基因大豆油可以吃嗎其實現在對於轉基因食品存在的質疑都沒有實質性的證據，都是壹些猜測罷了。而且國家既然允許轉基因食品的出現，就代表了可以放心的吃轉基因食品。而且除了轉基因大豆以外，其實國內種植的轉基因食品也越來越多，光是農作物就是二十多種，所以說轉基因大豆油是可以吃的。
但是如果經濟實力允許的話，肯定選擇非轉基因大豆油會更加放心壹些。畢竟轉基因技術出現也沒有多久的時間，就算會對人體產生壹定的危害，短時間內也看不到成效，所以說對於這種未知的產品，最好還是選擇觀望的態度，畢竟如果等到幾十年以後萬壹發現轉基因食品確實對身體有害，對自己的身體也不會產生太大的影響。
而且非轉基因的食品肯定對身體更有好處，就算沒有好處，至少也沒有壞處，而且從價格方面來看，非轉基因大豆油也要更貴壹些，便宜沒好貨的道理肯定是沒錯的。