輻鰭魚綱全世界有42目，431科，4075屬，23681種；國內36目，286科，1332屬，4118種。
輻鰭魚綱分為兩大亞綱：新輻鰭魚亞綱及軟骨硬鱗魚亞綱。
以下是輻鰭魚綱分類的列表：
軟骨硬鱗亞綱 Chondrostei
多鰭魚目: Polypteriformes
鱘形目:Acipenseriformes
新鰭亞綱（也稱硬骨魚亞綱）:NeopterygiiOsmeriformes
胡瓜魚目Osmeriformes
雀鱔目:Lepisosteiformes
弓鰭魚目:Amiiformes
骨舌魚總目:Osteoglossomorpha
骨舌魚目:Osteoglossiformes
月眼魚目:Hiodontiformes
海鰱總目Elopomorpha
海鰱目Elopiformes
鱸總目
鲉形目Scorpaeniformes
鱸形目Perciformes
鱧形目
鰈形目Pleuronectiformes
奇鯛目Stephanoberyciformes
金眼鯛目Beryciformes
海魴目Zeiformes
棘背魚目Gasterosteiformes
鯉形目Cypriniformes
脂鯉目Characiformes
裸背魚目Gymnotiformes
鯰形目Siluriformes
電鰻目
原棘鰭總目Protacanthopterygii
鮭形目Salmoniformes
狗魚目Esociformes
巨口魚總目Stenopterygii
辮魚目Ateleopodiformes
巨口魚目Stomiiformes
圓鱗總目Cyclosquamata
仙女魚目Aulopiformes（如:斑點燈籠魚）
燈籠魚總目Scopelomorpha
燈籠魚目Myctophiformes
月魚總目Lampridiomorpha
月魚目Lampriformes
須鳂總目Polymyxiomorpha
須鳂目Polymixiiformes
副棘鰭總目Paracanthopterygii
鮭鱸目Percopsiformes
蟾魚目Batrachoidiformes
鮟 目Lophiiformes
鱈形目Gadiformes
鰻總目
鰻鱺目Anguilliformes
鯡形總目Clupeomorpha
鯡形目Clupeiformes
骨鰾總目Ostariophysi
鼠鱚目Gonorynchiformes
肺魚亞綱
肺魚目Sirenoidei
肉鰭魚目
棘魚目