1，加熱原理不同。
烤箱的工作原理是利用發熱管發出的熱能對食物進行加熱烘烤，從而提高箱體內的溫度，這個過程是由外向內的。微波爐的工作原理是利用微波穿透食物，產生高頻振動產生熱能，使食物中的每壹個分子都發生熱運動，達到加熱食物的效果。
2，操作不同。
烤箱使用前需要提前預熱，這個時間壹般需要十分鐘左右。在這個過程中，空盒預熱時間過長或者溫度過高都會損壞烤箱，使用過程也比微波爐復雜。
加熱前無需預熱微波爐，只需將食物放在微波爐專用載體上直接工作即可。主要是在加熱過程中，如果食物有硬皮，要及時去除，否則會反射微波，使加熱效果無效。
3.烘焙效果不壹樣。
烤箱加熱系統能有效鎖住食物中的水分和營養成分，不會破壞食物原有的風味。熟食外酥裏嫩，味道更鮮美。微波爐主要是對冷卻後的食物進行再次加熱，在工作過程中消耗了大量的水分和營養，所以口感和味道都不盡如人意。
微波爐特點:
1，反射率。
微波碰到金屬會反射回來，所以內壁是經過特殊處理的鋼板。根據微波爐內壁引起的反射，微波可以來回穿透食物，增強熱效率。但爐內不宜使用金屬容器，否則會影響加熱時間，甚至引起爐內放電和著火。
2.滲透。
微波對普通陶瓷、玻璃、耐熱塑料、木材、竹子等都有穿透作用，是微波烹飪的最佳器皿。
3.吸收性。
各種食物都可以吸收微波，使食物中的分子振蕩摩擦產生熱能。但其滲透到各種食物中的程度因其質與量、厚度等因素而異。