據《食用菌雜誌》2009年第二期報道，在食用菌栽培前，通過發酵(巴氏殺菌)預處理或高溫高壓滅菌，可將棉籽殼中含有的有毒遊離棉酚分解到安全值。還有壹種說法是“棉籽殼中棉籽仁含量過高，會嚴重影響細菌的生長”:在實際栽培中證明這是不成立的！因為食用菌的栽培是壹個非常復雜的生化過程，不能通過我們遇到的某個現象來判斷！那顯然是不科學的。例如，在有“中國食用菌之都”之稱的福建省古田縣，食用菌種植戶大多偏愛使用棉籽仁多的黃色棉籽殼栽培草腐菌，但並沒有遇到“影響菌”的問題。但是在食用菌栽培過程中棉籽殼預處理不當，會造成“影響真菌”甚至不引起真菌的嚴重後果！比如平菇可以高溫高壓發酵、巴氏殺菌或蒸煮；金針菇的栽培絕對不能發酵，只能高溫高壓蒸，否則會“不發芽”甚至發芽！當然，本詞條中提到的價格低、質量差、營養低的棉籽殼適合培養木腐菌，如蘑菇、木耳、靈芝等。
棉籽殼的上遊產品受到全球經濟和相關產品(如棉花和棉花副產品、其他油、粕、服裝用人造纖維等)的影響。)，以及各生產國每年棉花種植面積的增減、種植成本(包括政府補貼)、氣候影響、運輸成本和季節性供應(由中間貿易商控制)都會造成價格極不穩定。同期不同產區價格從每噸400元-500元到1600元不等，甚至最近最高售價超過2700元/噸！因為目前還沒有找到可以完全替代的原材料，而且是季節性產品，國內剛性需求大。逐年遞增！
2010 10 12各產區價格；新疆新殼牌1050元/噸；山東省新殼1750-2300元左右；河南省質量較好的新殼2300多元；湖北省新殼2300-2500元/噸；湖南省新殼2450多元。開車的油廠不多，棉殼廠家都漲價搶購！