1，營養的差異
土雞蛋的雞自然是散養的，脂肪含量會比普通雞蛋略高，包括不飽和脂肪酸和具有養生作用的磷脂；普通雞蛋的雞通過飼料飼養，飼料科學配比，添加膳食纖維，所以膽固醇和脂肪含量略低。論雞蛋在蛋白質上的差異，土雞蛋會略高。壹般來說，兩個雞蛋的營養不同，但差別不大。
2.口味的不同
由於其生產周期長，含水量低，脂肪含量高，所以真土雞蛋的蛋黃會比普通雞蛋黃，口感會更香，雞蛋的氣味也會更低。但是土雞蛋產量低，單價高。市面上大量銷售的土雞蛋並不是真正的土雞蛋，但如果沒有人提醒，壹般是難以辨別的。
3、安全性的區別
土雞蛋大多是農民養的土雞生的，但生長環境、吃什麽、患病情況都不可預知，容易誘發食品安全問題。普通雞蛋是養雞場裏養的雞生的。這些雞壹般都打了疫苗，在食品安全上相對安全，所以不同雞蛋的安全性更好。
第二，土雞蛋真的比普通雞蛋更有營養嗎？
從科學的角度來說，雞蛋是嚴格按照要求生產的。如果不濫用添加劑，土雞蛋和普通雞蛋的營養價值沒有太大差別。雞場雞吃的飼料是科學配方，營養全面但失去了天然風味；自然散養的雞壹般吃的是草，蟲子，谷物，草籽，比較天然，所以味道比較豐富。
隨著人民生活水平的不斷提高，對食品質量的要求也越來越高。再加上天生的思維慣性，土雞蛋更原始，更貼近自然，自然會認為其營養價值更高，其實不然。從科學的角度來說，土雞蛋和普通雞蛋的營養成分沒有太大區別。