納豆富含納豆菌和優質膳食纖維，能抑制腸道致病菌生長，清潔腸道，預防便秘，改善消化系統。還具有祛皺、抑制雀斑的美容功效。
納豆富含優質蛋白質和卵磷脂，容易被人體吸收，有效補充人體所需營養。
納豆含有人體必需的22種微量元素，18種氨基酸，10種礦物質。對兒童挑食和厭食、高血壓、高血糖等疾病有壹定的食療保健作用。
納豆是壹種由納豆菌發酵而成的微生態保健食品。納豆特有的風味和氣味就像腐爛的食物。大豆腐敗導致的納豆，壹般人都受不了。因為納豆有潤腸作用，容易消化，所以適合作為喜歡喝酒的人的開胃菜。
納豆雖好，但並不適合所有人。
納豆含有高含量的蛋白質和嘌呤，會誘發痛風，增加腎臟負擔。嘌呤代謝紊亂的痛風患者和血尿酸濃度升高的患者最好不要多吃。慢性腎功能不全患者不適合食用；不適用於術後傷口未愈合的患者。
另外，由於納豆激酶不耐熱，所以盡量不加熱食用，可以作為拌菜的調料。而晚餐吃納豆，保健效果最好。
納豆不宜與香豆素類藥物同食。
納豆乍壹看像是可以保存很長時間的食物，但實際上它做出來後最多只能保存三四天。對於存放時間過長的納豆，應避免食用。