1986年，環境化學研究所與當時正在籌建的中國科學院生態研究中心合並，建立了中國第壹個環境科學與生態學專業研究基地——中國科學院生態環境研究中心。形成了環境化學、環境工程、系統生態學三個新的研究方向。該中心的研究方向是解決經濟建設和社會發展中提出的關鍵生態和環境問題。主要學科有:系統生態學與生態工程、環境化學、生態化學、汙染控制技術與工程、環境分析化學、生態環境信息與分析測試技術。生態環境研究中心的學科發展經歷了三個階段:
創建發展階段(1975-1986)
成立初期(1975-1978)，從兄弟單位抽調了壹批化工和非化工專業科技人員，開展環境分析、環境信息和重要汙染源治理技術的研究工作。主要學科有:環境分析化學、分析監測儀器開發、重大汙染源治理技術、環境信息研究。
從1979到1985，環境汙染化學的學科由單壹的環境分析化學擴展，豐富了環境分析化學的研究方向，包括痕量分析、光譜分析、化學分析、色譜分析、電化學分析，以及統壹分析方法和標準參考物質的研究。
調整和改進階段(1986-1998)
1986中國科學院環境化學研究所與中國科學院生態研究中心合並，組建中國科學院生態環境研究中心。在這個階段，已經形成了環境化學、環境工程和系統生態學。主要研究方向為:環境汙染化學、環境分析化學、環境毒理學、區域環境問題、系統生態學與生態工程、宏觀環境政策、國情研究、水汙染控制技術、大氣汙染控制技術、膜技術與膜材料、標準分析方法與標準參考物質、分析儀器開發。
1986建立中國科學院系統生態學開放實驗室，1989與清華大學等四家單位共建環境模擬與汙染控制國家重點聯合實驗室。兩個重點實驗室的建立，為生態環境研究中心的學科結構優化和研究方向調整奠定了基礎。
創新跨越階段(1999之後)
從65438到0999，生態環境研究中心被中國科學院批準為首批進入知識創新工程試點序列的研究所。總體學科框架為:優勢學科-環境化學，強化學科-環境工程，交叉學科-系統生態學和生態工程，發展生態毒理學、土壤環境等學科。2015年9月研究中心官網顯示，中心現有博士研究生442人，碩士研究生262人，博士後研究人員148人。
1978恢復研究生招生以來，共招收研究生2808人，其中碩士研究生1105人，博士研究生1703人。已有640人獲得碩士學位，1168人獲得博士學位。博士生442人，碩士生262人，博士後148人。從2004年開始招收國際學生。目前有9名來自美國和尼泊爾的留學生，以及多名外國進修生和外國博士後。
自1990以來，已有4名畢業生獲得全國“百名”優秀博士學位論文，6名畢業生獲得中國科學院院長獎學金特等獎，13名畢業生入選中國科學院優秀博士學位論文，共有282人獲得中國科學院院長獎學金、稱號獎等各類獎勵和表彰。