真菌通常分為三類，即酵母菌、黴菌和蘑菇(大型真菌)，分屬不同的亞門。
大型真菌是指能形成肉質或膠狀物質的子實體或菌核，大部分屬於擔子菌，少數屬於子囊菌。常見的大型真菌有香菇、草菇、金針菇、雙孢菇、平菇、木耳、銀耳、竹蓀、羊肚菌等。它們不僅是重要的真菌和蔬菜，也是食品和醫藥工業的重要資源。
模具
又稱“絲狀真菌”，是壹種真菌。它的身體呈絲狀且過度生長，能產生多種形式的孢子。它是腐生的。種類很多，如根黴、毛黴、曲黴、青黴菌等。黴菌可用於生產工業原料(檸檬酸、亞甲基琥珀酸等。)、食品加工(釀造醬油等。)、抗生素(如青黴素、灰黃黴素)和農藥(如灰黃黴素)。
酵母
這是壹種真菌。其體呈圓形、卵圓形或卵圓形，內有細胞核、液泡和顆粒狀物質。它通常通過出芽繁殖。有的能劈成兩半；有些物種能產生子囊孢子，子囊孢子在自然界中分布廣泛，尤其是在葡萄和其他果蔬中。它們是重要的發酵因子，能分解碳水化合物產生酒精和二氧化碳。生產中常用的有面包酵母、飼料酵母、酒精酵母和葡萄酒酵母等。有的可以合成醫用纖維素，有的也可以用於石油發酵。
啤酒酵母
它屬於酵母屬。細胞呈圓形、卵圓形或橢圓形。它們可以通過出芽形成子囊孢子。在發酵工業中，它們可用於酒精或藥用酵母的發酵，還可綜合利用細菌提取凝結物、麥角固醇、卵磷脂、輔酶a、細胞色素C等產品。
Monascuspurpureus屬於子囊菌，曲黴屬。它的菌絲體是紫紅色的。在無性繁殖過程中，菌絲分枝頂端形成單個或壹小簇球形或梨形分生組織。有性生殖時產生球形、橙紅色的封閉囊，囊內有八個子囊孢子。紅曲黴能產生紅曲黴、紅色乳腐菌和糖化酶。
念珠菌屬
能形成假菌絲而不產生子囊孢子的酵母屬。許多假絲酵母能利用正構烷烴作為石油發酵和脫蠟的碳源，並產生有價值的產品。其中，氧化正構烷烴能力較強的假絲酵母多為解脂假絲酵母或熱帶假絲酵母，部分菌種可用作飼料酵母。個別物種會導致人類或動物疾病。
白色念珠菌
或者“白色念珠菌”。壹種橢圓形的念珠菌，能夠發芽和繁殖。它通常存在於正常人的口腔、腸道和上呼吸道中，可引起口腔疾病，如鵝口瘡或其他疾病。
黃色曲黴
壹知半解真菌是黃曲黴的壹種常見腐生真菌。多見於發黴的谷物、谷物制品或其他發黴的有機物中。菌落生長迅速，結構疏松，表面黃綠色，背面無色或略呈褐色。菌體由許多復雜的分枝菌絲組成。營養菌絲被分離。部分氣生菌絲形成長而粗糙的分生孢子梗，莖頂端產生燒瓶狀或近球形的頂端囊，囊表面產生許多小莖(通常為雙層)，小莖上覆蓋有表面粗糙的球形分生孢子。分生孢子梗、頂囊、小莖和分生孢子可用於生產澱粉酶、蛋白酶和磷酸二酯酶等。，也是釀酒工業中常見的菌株。近年來，人們發現這些菌株中的壹些可以產生黃曲黴毒素，導致人類和牲畜肝臟的癌癥。早在公元六世紀,《齊書》中就記載了兩種黃麥曲被用來制作醬油。這兩種黃麥曲主要由黃曲黴產生的大量孢子和蛋白酶、澱粉酶組成。
白地黴
這是壹種真菌。菌落鋪展在壹個平面上，組織柔軟呈乳白色。當菌絲體生長到壹定階段時，會破裂成圓柱形的分果。菌絲生長的最適溫度為28℃，常見於牛奶和各種乳制品(如酸奶和奶酪)。白地黴常存在於泡菜和醬油中，可用於制作苦味酸和酵母片。
抗生素細菌
又稱“拮抗菌”，能抑制其他微生物的生長發育，甚至殺死其他微生物的某些微生物。其中有些能產生抗生素，主要是放線菌和壹些真菌、細菌，如鏈黴菌產生的鏈黴素、青黴菌產生的青黴素、粘菌產生的多粘菌素等。
假菌絲
壹些酵母，如假絲酵母，生長成長鏈並有分支，稱為假菌絲。細胞間連接狹窄，如蓮藕節，壹般無橫隔膜。
抗生素
又稱“抗生素”，主要指微生物產生的能抑制或殺死其他微生物的化學物質，如青黴素、鏈黴素、金黴素、甲霜靈、慶大黴素等。抗生素也可以從壹些高等植物和動物組織中提取。壹些抗生素，如氯黴素和環絲氨酸，主要通過化學合成生產。通過改變抗生素的化學結構，可以獲得性能更好的新抗生素。如半合成青黴素。在醫學上，抗生素被廣泛用於治療許多微生物感染性疾病和壹些癌癥。在畜牧獸醫中，有些抗生素不僅可以用來預防和控制某些傳染病，還可以促進家禽和家畜的生長。在農業和林業中，它們可用於預防和控制植物的微生物疾病。在食品工業中，它們可用作某些食品的防腐劑。
病原菌類
真菌在生物學分類上屬於藻菌綱植物，是真核微生物。它們在自然界分布廣泛，大部分對人有益，如釀酒、制醬、發酵飼料、育肥農田、制造抗生素、種植蘑菇、食品加工和提供中草藥源(如靈芝、茯苓、冬蟲夏草等。).它們都是真菌的產物或由真菌自身或通過真菌的作用制備)。引起人類疾病的真菌可分為淺部真菌和深部真菌。前者是慢性的，難以治療，但對身體影響不大。後者可侵犯全身內臟，嚴重時可導致死亡。此外，有些真菌寄生在糧食、飼料和食物中，會產生毒素，引起中毒性真菌病。