雖然艾灸的用藥沒有內服藥豐富，但從各種艾灸和太乙、雷霍針灸的臨床應用中，也可以看到艾灸的辨證施治。特別值得壹提的是艾灸的主要原料艾條的作用。清代吳在《本草》中說:“艾葉味苦而苦，性溫，熟而熱，純陽之氣，能逆陽之氣，疏通十二經脈，取三陰，調理氣血，祛寒濕，溫子宮，止血，溫中，解郁，調經安胎，說艾灸沒有艾灸就沒有艾灸，壹點也不為過。艾灸對人體的作用主要是壹種綜合作用，是各種因素相互影響、相互補充、共同發揮的整體治療效果。
首先，艾灸的治療是全面的。如冬病夏治，將白芥子等藥物塗於鐘山、舒菲、高甲穴治療哮喘，通過烏頭餅灸腎俞穴等穴位抗衰老等。它包括局部刺激(局部化膿灸、隔物灸)、經絡穴位(特選穴位)和藥物，它們是有機聯系的。
第二，治療的作用是全面的。艾灸熱的刺激可以調節局部氣血，艾火的刺激結合藥物必然增加藥物的療效。芳香類藥物在溫暖的環境下特別容易被吸收。艾灸施於穴位時，首先刺激穴位本身，刺激經氣，調動經絡的功能，更好地發揮整體的行氣活血、調和陰陽的作用。
第三，人的反應性和治療效果是綜合的。治療(艾灸)——外因只能通過內因(人的反應性)起作用。研究人員發現，同樣的艾灸療法，對同壹種疾病的患者，感覺傳遞不同，療效也不同。原因是人的反應力不同。在中醫整體觀念和辨證論治思想的指導下，上述因素均可在臨床實踐中合理選擇和靈活運用，從而發揮艾灸的最大功效。