（壹）根
南瓜的根系非常發達，種子發芽長出直根後，以每天2.5cm的速度紮入土中，根深壹般可達60cm左右，最深達2m左右。直根可分生出許多壹級、二級和三級側根，每天伸長6cm，形成強大的根群，但主要分布在10～40cm的耕層中。由於南瓜具有強大的根系網，所以它在旱地或瘠薄的沙土地上也能正常的生長發育，並獲得較高的產量。
（二）莖
中國南瓜的莖為五棱形有溝，其表面有粗剛毛或軟毛，或有棱角；印度南瓜莖為圓筒形、無棱，其表面有軟毛。莖分蔓生和矮生。蔓生種壹般分主枝、側枝及二次枝。莖中空，莖色有深綠色或淡綠色。壹般主蔓長3～5m，也有的品種蔓長可達10m以上，莖節上易生卷須，借以攀緣。在南瓜的匍匐莖節上，易產生不定根，可深入土中20～30cm，起固定枝蔓並輔助吸收水分及營養的作用。中國南瓜的矮生種基本為叢生狀，從莖基部常常分生出3～5條30～50cm的側蔓，在每個側蔓上生長2～3個瓜。印度南瓜的短蔓類型壹般是前期為短蔓，生長中後期節間長短逐漸和長蔓品種接近，成為長蔓類型。
（三）葉
南瓜葉片甚大，互生，葉柄細長而中空，沒有托葉，呈濃綠色或鮮綠色，葉腋處著生雌、雄花，側枝及卷須。
中國南瓜有的品種沿葉脈呈現白斑。白斑多少、大小、葉色濃淡因品種不同而有所差異，葉片大多為掌狀五裂，缺刻淺或為全緣。
印度南瓜的葉大部分為心臟形或圓形，極少量的品種葉片表面似有壹層蠟質呈灰綠色，但不像中國南瓜葉片的白斑呈點、片狀分布。葉面都有柔毛，粗糙。南瓜的葉片形狀、葉面茸毛及斑紋的差異是種間的不同特征之壹。
（四）花
中國南瓜的花蕾呈圓錐狀，花筒廣平開杈，花冠裂片大，多網狀脈，花瓣頂端銳尖。雌花萼片大，呈葉狀，雄花萼筒下多緊縊，花冠多翻卷呈鐘狀。
印度南瓜的花蕾圓柱形，花筒呈圓筒狀，花冠裂片柔軟，向下垂吊，花瓣圓形，萼片小而狹長。
兩個南瓜種的花型均較大，雌、雄花同株異花，雌花大於雄花，為異花授粉，蟲媒花。花色鮮黃或橙黃色。雌花子房下位，柱頭3裂，花梗粗，從子房的形態大致可以判斷以後的瓜形。雄花比雌花數量多，有雄蕊5個，合生成柱狀，花粉粒大，花梗細長。花冠5裂，花瓣合生成喇叭狀或漏鬥狀。花的大小與色澤因品種及種類不同而異。南瓜花在夜間開放，早晨4～5時盛開，上午10時之前授粉效果最好。南瓜主蔓的雌花壹般出現在5～30節，因品種熟性不同而有很大差異；側蔓雌花的發生壹般為主莖基部的側蔓雌花著生節位高，主莖上部的側蔓雌花著生節位低。研究表明，短日照和較大晝夜溫差有利於雌花形成，並可降低其著生的節位，有利於商品瓜提早上市。
（五）果實
南瓜的果實是由花托和子房發育而成的，以中果皮和內果皮為主要食用部分。南瓜果形多種多樣，有扁圓形、短柱形、球形、紡錘形、梨形、瓢形、長柱形等。南瓜果實大而多肉，分外果皮、內果皮、胎座3部分，單瓜重因品種差異甚大，老熟瓜從3～5kg直至100～200kg或更重。壹般為3心室，有6行種子著生於胎座，也有的為4心室，著生8行種子。
中國南瓜嫩瓜果皮的底色多為綠、灰或乳白色，間有深綠、淺灰或赭紅的斑紋或條紋。果面平滑或有明顯棱線，或有瘤棱、縱溝。果皮硬，有的有木質條溝，成熟果赭黃色、黃色或橙紅色，多蠟粉。果肉的顏色多為淺黃、黃、橘黃或黃綠色等；果肉致密或疏松，纖維質或膠狀，肉厚壹般為3～5cm，有的厚達9cm以上。中國南瓜的果梗細長、硬，有木質條溝，全五棱形，與果實接觸處顯著擴大成五角形梗座。
印度南瓜嫩果外皮白色、灰色、黃色、綠色等，成熟果外皮淡黃、金黃、橘紅或綠色。果肉乳白至橙黃色，含澱粉較多，偏粉質。果實形狀多為扁圓形、圓筒形或橢圓形，果面平滑，無蠟粉，果柄圓形、軟、較小。
果柄長短及梗座形狀是區別中國南瓜和印度南瓜種的重要依據。
（六）種子
南瓜的種子著生於內果皮上，種瓜成熟後籽皮硬化，成熟的種子外形扁平，常溫條件下種子的發芽年限為4～6年。
中國南瓜種子近橢圓形、白色至黃褐色，邊緣厚而色深，珠柄痕水平、傾斜或圓形，千粒重60～120g。印度南瓜種子白色或黃褐色，周緣有大邊，色澤很淺或與種子顏色不同。珠柄痕斜生，千粒重230～270g。南瓜種子的大小、形狀和顏色，周緣部的有或無，在臍部上形成的環柄痕的形狀等，也是鑒別不同南瓜種的重要依據。