(壹)農民收入過低，制約種糧積極性，影響糧食安全。
糧食是社會效益大，經濟效益差的產品，遠遠落後於其他經濟作物。按照現在的市場價格，種壹畝糧食作物的純收入是500元錢，而種西瓜、棉花、花生、蔬菜的收入分別是2000元、1500元、1200元、1000元，有的經濟作物甚至更高。為了響應國家的號召，農牧民為了保證國家糧食安全，必須多種作物，少種經濟作物，而多種作物就意味著要犧牲壹部分種糧農民的利益，特別是糧食主產區的種糧農民。同時，糧食產量尚未擺脫“靠天吃飯”的局面，種糧農民收入受氣候和市場因素影響很不穩定，直接制約了種糧農民的收入，影響了種糧積極性。
(2)耕地數量逐漸減少，影響糧食安全。
耕地是發展糧食生產的基本條件之壹。近年來，由於農業產業結構調整，非農建設占用耕地，耕地開墾後備資源有限，導致耕地持續減少。產業結構調整是農民增加經濟收入的新途徑。很多農民把耕地改成經濟作物，挖池塘養魚，發展畜禽養殖。農民收入有所提高，但糧食生產面積嚴重減少、耕地保護和糧食安全生產、農民增收成為新的矛盾。與此同時，占用耕地的非農建設進度逐年加大，土地供需矛盾日益突出。而且由於環境土壤等方面的影響，能夠耕種成耕地的荒地極其有限，而耕地又受土壤環境的影響，很難達到與占用耕地同等的質量。
(三)農村水利基礎設施薄弱，影響糧食安全。
在中國，許多水庫建於20世紀70年代以前。由於當時技術水平有限，大部分水庫沒有配備主要設施，堤壩存在安全隱患。尤其是縣市區的小型水庫，70%的水庫不安全，維修改造迫在眉睫。國家長期以來負責水庫建設的管理和設施的維護改造，也就是所謂的事權劃分。壹般來說，對既有利於縣市又有利於地方的水利設施進行加固、維修和改造，很難爭取到資金。目前，壹些大中型水庫的維修改造已列入國家財政計劃，總幹渠在國家財政的支持下已基本硬化。而小型水庫由於地方財政困難而疏於維護，相關的支渠、毛細渠年久失修，淤塞，渠底擡高，流速變慢，大量滲漏。同時，渠系水利用率只有40%，不能保證糧食高產穩產，影響糧食安全。
(4)支持糧食生產的機制不完善，政策落實不到位，影響糧食安全。
長期以來，國家不是優先解決農民問題，而是優先解決農業問題。當糧食等農產品供不應求時，要采取壹定的政策增加農民種糧收入，調動農民生產積極性。在短期內，農民收入將以較高的速度增長，糧食產量將有所增加，甚至大幅增加。當糧食等農產品供給改善時，政策就會發生變化，導致農民收入減少，種糧積極性降低，糧食產量下降。中國改革開放後，糧食產量的幾次波動已經深刻說明了這個問題。2004年以來，由於減免農業稅，對種糧農民進行補貼，出臺了糧食收購最低保護價、農機補貼、良種補貼等壹系列有助於促進農民種糧積極性的政策，糧食產量有了很大提高，但壹些政策在執行中打折扣，農民沒有得到應有的補償。比如有的地方農民只享受到壹半的農機補貼收益，壹半被農機生產企業、經銷商、農機主管部門盤剝。比如國家對農產品生產企業進行補貼，但是農產品生產企業並沒有降低價格，農產品價格居高不下。這部分資金並沒有真正起到穩定農產品價格的作用，不如直接補貼農民。2007年，種壹畝糧食的農民獲得了40元左右的糧食直補、良種補貼和綜合補貼，但今年每畝地的農業生產資料支出增加了20多元，占政府獎勵政策的50%。
(五)地方財政補貼糧食政策性虧損嚴重，影響糧食安全。
按照相關政策要求，糧食企業對糧食政策性虧損實行財務掛賬。按照要求，保單損失的本金暫時不需要償還，只需要支付利息，但光是利息部分就讓很多財政困難的縣市不堪重負。只有壹部分利息可以從承包給縣裏的糧食風險基金中支付，大部分由地方財政解決。這些負擔嚴重制約了糧食企業的發展、地方經濟的發展和糧食安全。
(6)糧食儲備單位設施老化，檢測手段落後，影響糧食安全。
國家投入大量資金建設了很多國家糧食儲備，但這遠遠不能滿足國家糧食儲備的需求。大量的國家儲備糧必須存放在地方糧食企業的倉庫裏。由於維修資金不足，倉庫設施老化，墻體開裂、傾斜、門窗破損嚴重。同時，當地食品質量監督檢驗設備老化，檢測經費不足，無法對食品質量進行檢測，嚴重影響食品安全。