著有《學術的進步》（1605）和《新工具》（1620）等。培根尖銳地批判了中世紀經院哲學，認為經院哲學和神學嚴重地阻礙了科學的進步，主張要全面改造人類的知識，使整個學術文化從經院哲學中解放出來，實現偉大的復興。他認為，科學必須追求自然界事物的原因和規律。要達到這個目的，就必須以感官經驗為依據。他提出了唯物主義經驗論的原則，認為知識和觀念起源於感性世界，感覺經驗是壹切知識的源泉。要獲得自然的科學知識，就必須把認識建築在感覺經驗的基礎上。他還提出了經驗歸納法，主張以實驗和觀察材料為基礎，經過分析、比較、選擇、排斥，最後得出正確的結論。
1597年，培根發表了他的處女作《論說隨筆文集》。他在書中將自己對社會的認識和思考，以及對人生的理解，濃縮成許多富有哲理的名言警句，受到廣大讀者的歡迎。
1605年，培根用英語完成了兩卷集《論學術的進展》。這是以知識為其研究對象的壹部著作，是培根聲稱要以知識為其領域，全面改革知識的宏大理想和計劃的壹部份。培根在書中猛烈抨擊了中世紀的蒙昧主義，論證了知識的巨大的作用，提示了知識不能令人滿意的現狀及補救的辦法。在這本書中，培根提出壹個有系統的科學百科全書的提綱，對後來十八世紀的狄德羅為首的法國百科全書派編寫百科全書，起了重大作用。
1609年，在培根任副檢察長時，他又出版了第三本著作《論古人的智慧》。他認為在遠古時代，存在著人類最古的智慧，可以通過對古代寓言故事的研究而發現失去的最古的智慧。
培根原打算撰寫壹部六卷本百科全書式的著作——《偉大的復興》，這是他要復興科學，要對人類知識加以重新改造的巨著，但他未能完成預期的計劃，只發行了前兩部份，1620年出版的《新工具》是該書的第二部份。《新工具》是培根最重要的哲學著作，它提出了培根在近代所開創的經驗認識原則和經驗認識方法。這本書與亞裏士多德的《工具篇》是相對立的。
培根在結束其政治生涯後，僅用幾個月時間就完成了《亨利七世本紀》壹書，這部著作得到後世史學家的高度評價，被譽為是“近代史學的裏程碑”。
大約在1623年，培根寫成了《新大西島》壹書，這是壹部尚未完成的烏托邦式的作品，由羅萊在他去逝的第二年首次發表。作者在書中描繪了自己新追求和向往的理想社會藍圖，設計了壹個稱為“本色列”的國家，在這個國家裏，科學主宰壹切，這是培根畢業所倡導的科學的“偉大復興”的思想信念的集中表現。
此外，培根在逝世後還留下了許多遺著，後來，由許多專家學者先後整理出版，包括《論事物的本性》、《迷宮的線索》、《各家哲學的批判》、《自然界的大事》、《論人類的知識》等等。