蛋白質雜交是壹種集蛋白質電泳、印跡和免疫分析於壹體的檢測特定蛋白質的方法。原理是生物體內含有壹定量的目的蛋白。首先，從生物細胞中提取總蛋白質或目標蛋白質，並將蛋白質樣品溶解在含有去汙劑和還原劑的溶液中。通過SDS-PAGE電泳根據其分子量分離蛋白質，然後將分離的蛋白質條帶原位轉移到固相膜(硝酸纖維素膜或尼龍膜)上。然後，將膜在高濃度蛋白質溶液中孵育以封閉其非特異性位點。然後加入特異性抗體(壹抗)。膜上的目標蛋白(抗原)與壹抗結合後，加入能與壹抗特異性結合的標記的二抗(通常壹抗用羊抗兔免疫球蛋白抗體)。最後，檢測標記化合物(通常是辣根過氧化物酶或堿性磷酸酶)對二抗的特異性反應。根據檢測結果，可以知道目的蛋白是否表達，在被測生物(植物)的細胞中的表達量和分子量。
Western hybridization是壹種蛋白質固定和分析技術，將聚丙烯酰胺凝膠或其他凝膠或電泳分離的蛋白質轉移到硝酸纖維素濾膜上，固定在濾膜上的蛋白質組分仍保留抗原活性和與其他大分子特異性結合的能力，因此可以與特異性抗體或核酸結合。其程序與Southern印跡相似，故稱之為Western印跡。第壹抗體與膜上的特異性抗原結合後，被標記的第二抗體(同位素或非同位素酶)檢測。該方法可檢測1ng抗原蛋白。Western雜交法靈敏度高，通常可從植物總蛋白中檢測出50ng的特異性目的蛋白。
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試劑制備
(1)轉移電泳緩沖液:20mmol/L Tris HCL pH8.0
150毫摩爾/升甘氨酸
將14.5克Tris粉末和67.08克甘氨酸加入4L水中，加入1200毫升。
甲醇，加水至6L
(2)報春素溶液:0.5%報春素
1%醋酸
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操作步驟:
通過SDS-PAGE分離的(1)蛋白質凝膠。
(2)將壹張濾紙剪成與膠水相同大小，在轉移電泳緩沖液中預濕，放在Scotch-Brit墊上，將濾紙放在膠水的負端，用緩沖液浸泡膠水表面，排出所有氣泡。
(3)在膠的陽極面上放壹張同樣大小的浸過的硝酸纖維素膜以排出氣泡，然後在濾膜的陽極端放壹張濾紙以排出氣泡，再放壹張Scotch-Brit墊。
(4)將三明治樣裝置放入塑料支架中間，將支架放入電轉移裝置中，並加入電轉移緩沖液。
(5)接通電源:在14V±4℃的電壓下，4小時或過夜，將膠水上的蛋白質轉移到硝酸纖維素膜上。
(6)將濾膜放入麗春紅S溶液中5分鐘，在蛋白染色水中脫色2分鐘，拍照，用印度墨水染色分子量標準，在水中完全脫色。
(7)將濾膜放入塑料袋中，加入5mL封閉緩沖液(1g速溶脫脂奶粉溶於100ml PBS中)封閉特異性抗體結合位點，在1h室溫下搖勻，倒出封閉緩沖液。
(8)將第壹抗體稀釋於密閉緩沖液中，加入後室溫放置65438±0小時，將濾膜轉移至塑料盒中，用200mL PBS洗滌四次，搖勻。
(9)在封閉緩沖液中稀釋辣根過氧化物酶標記的第二抗體，並重復步驟8。
(10)將濾膜放入100mL新配制的DAB底物溶液中，約2 ~ 3分鐘後顯色。用水沖洗以停止反應並拍照。
結果分析:分析陽性(有色)條帶的分子量，根據信號(顏色)強度分析蛋白表達。