鑲嵌型:最常見的類型。番茄葉片出現輕微的斑駁或明顯的花葉，新葉小，葉脈呈紫色，植株矮小，果面絢麗。由煙草花葉病毒引起。
條紋型:主要危害莖和果實。莖上形成深綠色至深褐色條紋，表面凹陷壞死，但不深入內部。病果畸形，果面不規則棕凹，壞死斑。由煙草花葉病毒引起。
蕨葉型:新葉近線形，病株短而黃綠色，中下葉卷起，重葉卷成筒狀。側枝均有蕨狀小葉，節間變短，呈叢生枝。由黃瓜花葉病毒引起。
該病毒可在田間雜草、患病植物殘體和土壤中的種子上越冬。通過蚜蟲和田間作業傳播。高溫幹旱，管理粗放的溫室病毒病重。
預防病毒病，首先要選擇抗病品種，播種前消毒種子，及時播種，培育壯苗。樹苗種下後，經過精心科學的管理。農藥防治可采用噴灑冰之靈800倍，苗期2次，開花後每隔10天噴灑1次，連用3 ~ 4次。使用5%細菌毒素水劑150 ~ 200倍液，發病初期葉面噴施，7 ~ 10天1次，連續噴施3 ~ 4次，可基本控制病毒性疾病的危害和流行。
(2)番茄早疫病危害葉、莖、果。葉傷初期出現暗褐色或黑色圓形至橢圓形斑點，逐漸擴大，邊緣常有黃色暈圈和同心輪紋。當疾病嚴重時，植物的下部葉子完全死亡。莖病斑多發生在枝幹，呈灰褐色橢圓形，略凹，也有同心輪紋。在嚴重的情況下，樹枝通常會從患病部位折斷。果實上的病斑多發生在花梗附近和有裂紋的地方。它們呈圓形或近圓形，褐色或深褐色，略凹，也有同心輪紋。黑色的黴菌密密麻麻地覆蓋在它們身上，病果往往會提早脫落。
番茄早疫病在65438±05℃，相對濕度80%以上時開始發生。20 ~ 25℃，濕度大，甚至陰天，病情發展迅速。病害多發生在結果初期，盛果期嚴重。
應進行種子消毒，防止早疫病，並加強栽培管理。苗期可噴施65%代森鋅600倍液。發病初期，每7天左右可噴70%代森錳鋅可濕性粉劑500倍、75%百菌清可濕性粉劑600倍、50%撲爾敏可濕性粉劑1000倍、50%多菌靈可濕性粉劑500倍、多菌靈錳鋅500倍。
(3)番茄晚疫病，危害葉、果、莖。保護區病害嚴重的主要原因是為病菌越冬提供了條件，從而加重了病害。
壹般是中下葉先發病，葉尖或葉緣開始出現規則的深綠色水浸病斑，然後變成褐色。濕度大時，葉背病斑邊緣會產生白色黴菌。莖起初是綠色的，後來變成深褐色的條狀病斑。果實病害多表現為果柄附近的灰綠色水浸硬斑片，然後轉為深褐色，略凹，邊緣有明顯的不規則雲紋。潮濕時生長少量白色黴菌，果實腐爛快。
番茄晚疫病的溫度範圍為7 ~ 25℃，最適溫度為18 ~ 20℃。當葉片上有水滴時，有利於細菌的感染，因此在低溫高濕條件下容易生病。
防治番茄晚疫病，首先要選擇抗病品種，加強田間管理，及時噴灑農藥。藥劑可選600倍的25%毒黴可濕性粉劑、58%甲霜靈錳鋅可濕性粉劑、500倍的65%代森鋅可濕性粉劑、200倍的40%膦甲酸鈉鋁可濕性粉劑，每7天左右噴施1次，連續3-4次。
(4)番茄葉黴病是日光溫室番茄的重要病害之壹。主要危害葉片，嚴重時甚至危害莖、花、果。
葉片感染後，葉片上出現橢圓形或不規則的淡黃色失綠斑，葉背面出現界限不清的淡綠色斑點。潮濕時，病斑上會長出壹層紫灰色的致密黴菌層。病斑擴大後，葉子卷曲、幹枯、脫落。果病多在果蒂周圍形成黑色堅硬的病斑，略向下凹陷。
葉黴的最適溫度為24 ~ 25℃。相對濕度在90%以上時容易流行，陰天、弱光、高濕時嚴重。
種子消毒要防止葉黴病，保護區要加強通風透光。發病後，每7天左右可噴施1倍的50%速克靈可濕性粉劑、1，000倍的50%撲爾敏可濕性粉劑、500倍的50%多菌靈可濕性粉劑、500倍的65%代森鋅可濕性粉劑、600倍的75%百菌清可濕性粉劑。噴藥時註意重新噴葉背。也可封閉保護區，用百菌清煙劑每畝400克，持續4 ~ 6小時。
(5)早春保護地番茄灰黴病嚴重。幼苗受害後，首先產生浸水的葉片和葉柄，腐爛幹枯，表面密被灰黴病。病情嚴重時，蔓延至幼莖，導致幼苗坍塌死亡。成葉病斑由邊緣向內呈“V”形發展，淺褐色水浸，深淺壹致的輪紋，表面少量灰黴病，葉片枯死。
番茄灰黴病主要危害果實。它從橄欖的剩余花朵或花托感染，並逐漸蔓延到果實和果柄。病果皮灰白色，浸水後變軟腐爛，後期產生灰色至灰褐色的黴菌層，使果實變硬。
灰黴病可在2 ~ 365438±0℃發生。發病的最適溫度為20 ~ 23℃。高濕度條件嚴重。春季連續陰天，氣溫較低。室外空氣不及時，室內濕度大，容易造成灰黴病的發生和流行。
預防灰黴病，應加強保護區室外空氣，控制溫濕度。發病後可選用50%速克靈WP 2000倍液、50%撲爾敏WP 1000倍液、75%百菌清WP 600倍液、50%多菌靈WP 500倍液、65%代森鋅WP 500倍液，每隔7 ~ 10天噴施壹次。
(6)番茄葉斑病主要危害葉片和葉柄，很少危害莖和果實。發病通常從下部老葉開始，然後逐漸向上蔓延。發病後，葉片背面出現小圓斑，不久葉片兩側出現圓形或近圓形斑。斑點周邊為深褐色，中心為灰白色，斑點表面有許多黑色斑點。後來，斑點脫落，形成穿孔。葉柄和莖的病斑呈橢圓形和褐色，帶有小黑點。
番茄葉枯病的最適溫度為25℃。溫暖濕潤，溫度25 ~ 27℃，濕度95%左右，光照不足，最有利於疾病的發生。在溫暖的雨天，當番茄開始結果時，這種疾病可以在大約10天內流行。
防治番茄葉枯病應選用無病種子或消毒，與非茄科作物輪作3 ~ 4年。農藥防治可噴灑70%代森錳鋅可濕性粉劑400-500倍、50%甲基硫菌靈可濕性粉劑1000倍、75%百菌清可濕性粉劑600倍、50%多菌靈可濕性粉劑500-1000倍，持續5-7天。也可以用45%百菌清煙劑(250g 1 mu)煙霧。
(7)番茄青枯病番茄青枯病又稱青枯病，多發生在番茄的開花坐果期。該病發病急，傳播快，常造成植株成片死亡，造成嚴重減產。
苗期病害不表現癥狀，直到番茄座果前期，病株開始萎蔫，中午明顯，傍晚後恢復正常。如果發病後土壤幹燥，氣溫高，2 ~ 3天整株枯萎，無法恢復，植株死亡後仍保持綠色，故稱青枯病。
青枯病是壹種土傳細菌性疾病。病菌借助水分活動，從莖根部和基部的傷口侵入，沿導管上移擴散，在導管內繁殖，破壞了莖的輸水功能，植株因缺水而萎蔫。
當弱土壤含水量達到25%時，有利於病菌的入侵。土壤溫度為20℃時，細菌開始活動，25℃時活動最旺盛，田間出現發病高峰。連續陰雨天過後，天氣轉晴，土壤溫度隨氣溫急劇上升，往往會引起疾病流行。
防治番茄青枯病，應實行輪作，加強栽培管理。田間發現中央病株時，應立即拔除銷毀，並向穴內灌2%福爾馬林溶液0.5公斤，每隔10天灌1次，連續灌2 ~ 3次。發病初期，用雙效靈400倍液或50%多菌靈可濕性粉劑500倍液灌根。種植前，每畝用40公斤滴灌混合液，用水灌溉消毒土壤。
(8)番茄臍腐病是壹種生理性病害。水浸泡的深綠色斑點多形成於幼果和橄欖的肚臍(頂部)，逐漸變成深褐色或黑色，嚴重時斑點擴大至半個果面。
臍腐病是壹種非寄生蟲病。當植物得到足夠的水分，旺盛生長壹段時間後，土壤水分突然發生變化，供水嚴重不足，使橄欖的肚臍大量失水，引起組織壞死。此外，植物生長發育缺鈣引起果實臍周細胞生理紊亂，不能有效控水，也可誘發此病。
防治番茄臍腐病，首先要選擇抗病品種，采用地膜覆蓋栽培，促進根系發育，增加吸收能力，加強肥水管理。根外及時追肥，從初花期開始噴施1%過磷酸鈣、0.1%硝酸鈣或0.1%氯化鈣，每隔15天噴施1次，可增加油橄欖的抗病性，減少臍腐病的發生。