細菌門（Schizomycophyta）
細胞是單細胞的原核生物，無色素，異養型，壹般沒有真正的核結構。可以分為球菌、桿菌和螺旋菌三大類。球菌壹般沒有鞭毛，桿菌和螺旋菌某壹個階段有鞭毛，可以遊動。營寄生或者腐生生活。也存在諸如鐵細菌和硝化細菌的自養細菌。生殖方式為細胞分裂生殖，環境不適宜的時候可以形成芽孢（原生質體凝縮，其外包被著壹層含脂肪的、堅硬而不透水的壁）。放線菌類屬（Actinomycetes）是壹類不具有鞭毛的桿狀細菌，在壹定條件下可以分枝形成絲狀體，有人認為放線菌是出於真菌和細菌之間的過渡狀態。放線菌可以產生諸如鏈黴素、四環素、土黴素、氯黴素等抗菌素。
粘菌門（Myxomycophyta）
在生長期或營養階段，菌體裸露、無細胞壁，呈多核的原生質團，無葉綠素、異養，類似於變形蟲式的運動和吞食固體食物的方式，繁殖時節或在劣境條件下，發育為具有纖維素的孢子，而似真菌。因此粘菌是壹種介乎動物和真菌之間的壹種生物。
發網菌屬（Stemonitis）：是黏菌中最常見的、最廣泛分布的壹類。其營養體為裸露的原生質團，稱為變形體。呈現不規則的網狀，在無性繁殖的時候，變形體爬到幹燥光亮的地方，形成很多的發狀突起，每個突起發展為壹個具有柄的孢子囊（子實體）。壹般為長筒形、紫灰色，外有包被peridium。孢子囊柄深入囊中的部分稱為囊軸，囊內有孢絲交織為孢網。然後原生質團中的許多核進行減數分裂，原生質團被割裂為許多單核的小原生質，每塊小原生質分泌出細胞壁，形成壹個孢子，藏在孢絲的網眼之中。成熟時，包被破裂，借助孢網的彈力孢子彈出。之後孢子在適宜的環境下，萌發為具兩條不等長鞭毛的遊動細胞，遊動細胞的鞭毛可以收縮為變形體狀的細胞，稱為變形菌胞。有性生殖時由遊動細胞或變形菌胞兩兩結合，形成合子，不經過休眠，合子核進行多次有絲分裂，形成多數雙倍體核，構成壹個多核的變形體。
真菌門（Eumycophyuta）
真菌是壹類不含葉綠素、異養的真核生物。都有細胞壁，細胞壁含幾丁質（chitin），也有的含有纖維素。多數植物體由細絲組成，每壹細絲叫做微絲（hypha），菌絲有的分隔稱有隔菌絲（septet hypha），有的不分隔呈非細胞結構狀態，稱無隔菌絲（nonseptet hypha）,生殖階段由分支的菌絲組合而成的菌絲團稱為菌絲體（mycelium）常見的有根狀菌索、菌核和子座等。高等種類的菌絲體，可以發育為不同的子體。
真菌因其不含光合色素而營異養生活絕大多數為腐生或者寄生。
真菌的生殖方式多種多樣，無性生殖極為發達，可以產生多種類型的孢子。孢子有的內生生於孢子囊之中，或者外生。同時還可以通過菌絲斷裂進行營養生殖。有性生殖有同配、異配和卵式生殖。低等真菌多為同配或者異配。
在真菌的生活史中，單倍體無性生殖占的時間較長，而有性生殖形成的二倍體合子很快進行減數分裂，形成單倍體的繁殖孢子。因此真菌沒有世代交替，但有單倍體和二倍體的核相交替。主要分為如下幾個亞門：
鞭毛菌亞門（Mastigomycotina）
除少數單細胞個體外，絕大多數為分枝的絲狀體。菌絲多核，繁殖期菌絲的基部產生橫隔，形成壹個能產生單鞭毛或者雙鞭毛遊動孢子的特定細胞。有性生殖時產生卵孢子或休眠孢子；低等的種類為同配或者異配。
代表：水黴屬（Saprolegnia）
菌絲體由壹個細胞發育而來，無隔壁、多核，呈白色多分枝的絨毛狀。由短的根狀菌絲（鉆入宿主組織，吸取寄主養料）和眾多細長、分枝繁茂的菌絲組成。無性生殖時，菌絲的頂端稍膨大，在膨大部分的基部產生橫隔壁，形成壹個長筒形的流動孢子囊，其中產生球形的遊動孢子，頂生兩條鞭毛，為初生孢子。流動不久，鞭毛收縮，變為球形的靜孢子。之後在新寄主上萌發，再發育為新菌絲。這種具有兩種遊動孢子的現象稱為雙遊現象（diplanetism）
在營養不良的時候，水黴進入有性生殖，菌絲頂端分別膨脹為精囊和卵囊，在精囊和卵囊內分別產生精子和卵，精卵結合產生厚壁的合子或者卵孢子；卵孢子休眠後經減數分裂和有絲分裂，發育為新的無隔絲菌體。
接合菌亞門（Zygomycotina）
營養體由無隔、多核菌絲所組成，無性生殖產生不動孢囊孢子，有性生殖產生接合孢子。接合菌是由鞭毛菌類向無鞭毛菌類演變的類群，也是從水生到陸生過渡的類群。
代表：根黴屬（Rhizopus）
本屬為腐生，常見的是黑根黴，又名面包酶。菌絲體由分支、不具橫隔壁的菌絲組成，含多個細胞核。菌絲時常橫生，向下有假根；向上可生出孢子囊梗，其先端分隔形成孢子囊，其中生有許多孢子（內生孢子）。孢子成熟後呈黑色，當散落在適宜的機制上時，就萌發為新菌絲。
黑根黴的有性生殖為接合生殖。在異性菌絲接觸處產生短枝，兩短枝的頂端膨大，產生橫壁，使短絲與菌絲隔開，頂端形成配子囊（gametangium），橫壁下部是配子囊柄。兩個配子囊成熟後，它們之間接觸的壁溶解，使得原生質體融合為合子，之後其外壁加厚，合子休眠，經過減數分裂，開始萌發，長出菌絲，頂端形成壹個孢子囊，孢子囊內產生孢子，由孢子再發育為新的個體。
根黴和毛黴都是屬於這個亞門，在釀酒業和羊毛軟化脫脂中都會使用。
子囊菌亞門（Ascomycotina）
本門真菌除酵母菌為單細胞外其余為多細胞有機體，菌絲有隔，無性繁殖時，單細胞的種類出芽繁殖，多細胞的種類產生分生孢子，有性生殖時產生子囊，子囊兩性結合後的核經減數分裂，壹般形成8個子囊孢子。
本亞門子實體稱為子囊果（ascocarp），其周圍包被著由交織的菌絲構成的子囊果的壁，子囊果內排列著子囊層（子實層hymenium）和與之相連的側絲（paraphysis），子囊果有3類：閉囊果（子囊果為球形，無孔口，完全閉合。子囊殼：子囊果為球形，頂端有孔口，這種子囊果常埋於子座（stroma）中。子囊盤：為杯碟狀，子實層常露在外。
代表屬種：酵母菌屬（Saccharomyces），為本亞門較為原始的種類，植物體為單細胞，卵形，有大液泡，核很小。主要繁殖方式為出芽繁殖，母細胞的壹端產生壹個小芽——芽生孢子。之後脫離母體稱為新的酵母菌。於是芽生孢子可以相連成為假菌絲。有性生殖時合子不轉變為子囊，以芽植法生二倍體的細胞，由二倍體的細胞轉變為子囊，減數分裂後形成4個子囊孢子。酵母能無氧發酵，將糖類分解為二氧化碳和乙醇。
青黴屬（Penicillium）本屬真菌最為普遍，常滋生於水果、蔬菜以及潮濕的有機質上。主要以分生孢子繁殖，從菌絲上產生很多分生孢子梗，梗的前端先分枝數次，最後的分枝為小梗。生小梗的枝稱為梗基。小梗上有壹串分生孢子，青綠色。有性生殖僅在少數種中發現，形成閉囊殼。黃青黴和點青黴均可分泌青黴素。
麥角菌屬（Claviceps）子囊殼為瓶狀，主要寄生在麥類的子房中，形成黑色堅硬的菌核，形狀像較。麥角制劑可以用來做止血劑。
擔子菌亞門（Basidiomycotina）
擔子菌都是多細胞有隔菌絲體，有初生菌絲和次生菌絲之分。由擔孢子萌發成的單核、有隔而且多分枝的菌絲為初生，由部分初生菌絲經有性結合後的雙核細胞分裂而來的雙核菌絲稱為次生菌絲，由次生菌絲發育為子實體（又稱為擔子果）擔子菌的營養繁殖產生節孢子、厚壁孢子或芽孢，無性繁殖可以產生分生孢子、粉孢子，有性生殖產生擔子，擔子經過減數分裂形成擔孢子，擔孢子萌發後形成新的單核菌絲。
代表屬種：銹菌目（Uredinales）：主要寄生在種子植物和蕨類植物上，初生菌絲可以形成性孢子，次生菌絲產生秋孢、夏孢子、冬孢子。冬孢子萌發時減數分裂產生擔孢子。各種孢子有壹定的產生順序。禾病銹菌有兩個寄主，壹為禾本科植物，二為小檗屬或十大功勞屬。
傘菌目（Agaricales）：子實體肉質，少革質、木栓質或膜質。均有菌蓋和菌柄。菌柄大多中間生。菌蓋腹面有放射狀的菌褶gill，子實層位於菌褶的兩面，擔子果幼嫩時有內菌幕partial veil遮蓋著菌褶。成熟後內菌幕破裂，菌柄上殘留的部分形成菌環annulus，有些種類有外菌幕包圍子實體，菌柄延長時外菌幕破裂後在菌柄基部的殘留為菌托volva。著名的有蘑菇屬。
多孔菌目（Polyporales）子實體無菌褶，形狀多種多樣。擔子單細胞，無分隔，擔孢子四個。如靈芝
半知菌亞門（Deuteromycotina）
本亞門的菌類多為有隔菌絲體。生活史上還只知道其無性繁殖不知其有性繁殖。半知菌亞門大多數為子囊菌亞門的無性階段，少數為擔子菌亞門的無性階段。棉花炭疽病
而對於另壹種植物 地衣lichenes ，是真菌和藻類的***生植物。***生的真菌絕大多數為子囊菌，少數屬於擔子菌，個別為藻狀菌。***生的藻為藍藻和綠藻。壹般情況下，菌占地衣的絕大部分，藻則在復合體的內部，呈壹層或基幹狀。藻類為整個植物體制造養分，而菌類則吸收水分和無機鹽，為藻類制造養分提供原料，並包圍和保護藻類細胞。可以分為殼狀地衣、葉狀地衣、枝狀地衣（如石蕊），根據藻體分布也可以分為同層地衣（上下均由緊密交織的菌絲構成，下皮層深入基質之中，具有吸收和固著作用，中部菌絲稀疏，藻細胞分布其中）和異層地衣（藻細胞位於皮層，可以形成綠色藻層。其繁殖方式為營養繁殖（自行斷裂或者地衣植物表面形成粉芽和珊瑚芽，粉芽是幾根菌絲纏繞著藻細胞而成的團塊。珊瑚芽是地衣植物上皮層局部突起形成的結構，也是菌絲包圍著藻細胞而成。有性生殖，是以***生的真菌獨立進行的，產生子囊孢子或者擔孢子。在壹定條件下萌發，在適宜的基物上，並遇到壹定的藻細胞，才能與藻細胞***同形成地衣。
參考：
https://en.wikipedia.org/wiki/Bacteria
https://en.wikipedia.org/wiki/Fungus
https://en.wikipedia.org/wiki/Mastigomycotina
https://en.wikipedia.org/wiki/Rhizopus
https://en.wikipedia.org/wiki/Agaricales
https://en.wikipedia.org/wiki/Basidiomycota
https://en.wikipedia.org/wiki/Lichen