1、過度使用各種添加劑。食品中存在著超範圍、超劑量使用有添加劑的情況，雖然這些添加劑對人體是無害的，但是過多的添加添加劑同樣會增加身體的負擔，因為壹些添加劑需要肝臟進行分解和代謝，增加了肝臟的負擔；
2、微生物的汙染。現在很多人喜歡生吃食物，比如海鮮或者是半生不熟的牛排等，甚至涮火鍋也是半生不熟就吃，這樣導致了食物中的微生物進入人體，危害人的健康；
3、有壹些食物的質量不達標。這樣的比例占總食品的17%左右，雖然比例不是很高，但是這依然是隱患；
4、重金屬汙染。這種汙染很可能來源於水質，工業化現代化的進程，導致了水源的重金屬汙染嚴重，而用這些水制作出來的食品自然就含有重金屬，此外，還存在制作過程中的少量重金屬的汙染；
5、農藥殘留超標。農藥超標是可以直接導致人中毒的，現在依然有壹些食品發生農藥超標的情況，這種情況如果不遏制，也將是後患無窮；
6、生物毒素的汙染。這種汙染來自各種生物本身，雖然占有的比例也非常低，但是也不能忽視，這種生物毒素也會引起壹些健康的問題。
食品安全隱患的危害如下：
1、危害公眾身心健康和生命財產安全。人類的生存與發展離不開安全的食品，不安全食品常常會致使食用人組織器官產生急性、亞急性或慢性損害，學術上稱之為食源性疾病。有的會產生壹過性身體不適，有的還可導致基因突變，嚴重時危及生命。由於該類產品是公眾的生活必需品，不論是在使用空間上，還是在使用人群上都具有廣泛性特點，壹旦發生安全事故就是群體性事件；
2、破壞社會穩定和諧。因為食品安全事故壹般均為群體性事件，牽動社會的方方面面，常常導致社會不穩定。如奶粉事件，波及面之寬，受害人群之廣，讓整個社會產生安全危機，同時導致三鹿集團數萬名職工失業。當前，眾多的家庭對中國的奶粉產生不信賴，有的家長放棄對孩子餵養奶粉，有的甚至到國外采購奶粉；
3、影響經濟發展。隨著國家經濟的高速發展，食品產業成為拉動經濟的重要力量，中國五百強企業中不乏食品企業，如近年來，出現重大安全事故2008年的三聚氰胺奶粉事件曝光後，夜之間轟然倒塌，人們無不為多年來精心打造的國家品牌民族企業而感到惋惜。廣大消費者對國產乳品失去信心，巨大的乳品消費市場被國外品牌所占領，也影響到我國食品出口。
綜上所述，食品安全隱患有生物性危害：細菌、黴菌、病毒、寄生蟲。化學性危害：重金屬、自然毒素、農用化學藥物、洗消劑。物理性危害：碎骨頭、碎石頭、鐵屑、木屑、頭發、蟑螂等昆蟲的殘體、碎玻璃以及其他可見的異物。
法律依據：
《中華人民***和國食品安全法》第壹百零九條
縣級以上人民政府食品安全監督管理部門根據食品安全風險監測、風險評估結果和食品安全狀況等，確定監督管理的重點、方式和頻次，實施風險分級管理。
縣級以上地方人民政府組織本級食品安全監督管理、農業行政等部門制定本行政區域的食品安全年度監督管理計劃，向社會公布並組織實施。
食品安全年度監督管理計劃應當將下列事項作為監督管理的重點：
（壹）專供嬰幼兒和其他特定人群的主輔食品；
（二）保健食品生產過程中的添加行為和按照註冊或者備案的技術要求組織生產的情況，保健食品標簽、說明書以及宣傳材料中有關功能宣傳的情況；
（三）發生食品安全事故風險較高的食品生產經營者；
（四）食品安全風險監測結果表明可能存在食品安全隱患的事項。