南瓜起源於南美洲，已有9000年的栽培歷史。哥倫布將其帶回歐洲，由葡萄牙傳入日本、印度尼西亞、菲律賓等地。明代開始進入中國。李時珍在《本草綱目》中說:“南繁種植南瓜，轉到福建、浙江，現在燕京也有。二月播種適合沙窩地，四月生苗，導致藤蔓眾多，壹根藤蔓可以延伸十幾尺...它的兒子像冬瓜子，肉又厚又黃，不能生吃，但吃起來像山藥。最好和豬肉壹起煮，也可以用蜂蜜炒。”
值得註意的是，到了元代，賈明在《飲食須知》中也提到了“南瓜”。他說:“南瓜味甘，性溫，吃多了會引起腳氣和黃疸。吃同壹只羊的肉很氣人。忌與豬肝、紅豆、蕎麥面同食。”但哥倫布發現美洲時尚未抵達，中國也沒有發現其他野生種類的南瓜，所以書中的“南瓜”絕不是我們今天所說的南瓜，而是其他瓜類植物。只是現在的南瓜不適合和羊肉壹起吃，所以被誤傳，甚至衍生出“南瓜傳入中國很久了”、“亞洲也是南瓜的起源地”等錯誤說法。
南瓜的優勢非常明顯。產量大，易成活，營養豐富，在荒年可代替糧食，故又稱“米瓜”、“米瓜”。《北書抱甕錄》說:“南瓜越老越好。黃州豬肉宜用紫砂煮，少用水，緩火。蒸的極熟，甜膩，極香。”所謂“子瞻黃州烹豬肉法”，就是蘇東坡做東坡肉的方法，可見人們已將南瓜視為珍寶。
據古書記載，人們不僅吃水果，還吃樹葉。比如“用葉去筋，妙不可言”，花也可以吃。“用開水浸泡加鹽，代替幹菜”，但吃花需要去心去須，否則太苦，而南瓜莖可以“織成絲”。此外，南瓜還用來泡酒，被認為有利於保健。《求原本草》載:“以蒸酒、泡酒為佳。它的藤蔓是苦的，微寒的。平肝和胃，通經絡，益氣血。”
有意思的是，光緒以前，南瓜的說法很少，大多叫南瓜、南瓜、宅瓜、臥瓜。壹方面是來自海外，另壹方面是個頭巨大，因其色澤金黃，具有藥用價值，也有“金瓜”之說。鴉片橫行時，南瓜常被用作治療煙癮的藥物。
南瓜傳入中國的途徑很多，但廣東、福建、浙江是最早的。當初中國人誤以為南瓜來自日本，所以叫“日本瓜”，又因為日本在中國的東方，所以也叫“東瓜”。此外，還有壹種更進壹步的誤解，認為南瓜來自朝鮮半島，被稱為“朝鮮瓜”，而日本人則認為南瓜來自中國，所以稱之為“唐茄子”(當時日本人稱中國產品為唐物)。
清代中後期，南方南瓜沿大運河北移，尤其是山東，成為北方重要的南瓜種植重鎮。人們開始意識到這種南瓜應該來自南方，於是“南瓜”這個名字開始流行起來。