生(青)木瓜的種子是未成熟的白色，而成熟木瓜的種子是深棕色。當人們買木瓜時，他們吃肉並丟棄種子。日常生活中，很少有人直接用木瓜籽。可以說木瓜籽不能吃。
木瓜籽有很多用途，可以入藥，也可以加工成化妝品。另外，木瓜籽中含有木瓜蛋白酶，可以軟化鮮肉，但市面上已經有精制的“嫩肉粉”，使用起來比木瓜籽方便很多。