腸道感染引起的腹瀉需要抗感染治療,針對病原體的抗菌治療是最理想的。復方磺胺甲惡唑、諾氟沙星、環丙沙星、氧氟沙星對細菌性痢疾、沙門氏菌或中毒性大腸桿菌、螺桿菌感染有效,甲硝唑對溶組織阿米巴、梨形賈第鞭毛蟲感染有效。這些藥物常用於急性感染性腹瀉。