含有毒素：仙人掌果籽中含有壹種名為蛋白酶抑制劑的毒素，會導致消化不良、嘔吐、腹瀉甚至中毒等不良反應。
口感不好：仙人掌果籽外表堅硬，內部包裹著壹層薄皮，口感較差，很難咀嚼。
營養價值不高：仙人掌果籽中的營養成分相比果肉要少得多，所以食用仙人掌果籽無法帶來明顯的營養價值。