明初設立靖邊道、靖邊營，轄寧賽寶、巴度河六鎮。
炮臺、靖邊炮臺(新城)、羅真炮臺、真鏡炮臺、龍州炮臺和錦雞兒鎮。萬歷六年(1578)，巴度河堡並入塞寧堡。所有的堡壘和城鎮都是軍事組織。其區域劃分無考。
清雍正九年(1731)，位於靖邊縣。全縣分3個鄉，1346卡，分別是:東鄉鎮鮑靜，475卡；龍舟包，品牌172。寧賽寶，西鄉，品牌519。包絡，南鄉，品牌180。光緒二十五年，鮑靜，壹個縣城，76個牌子，121村；東鄉龍洲堡，牌子34個，村65個；包絡，南鄉，50牌，153村；西南鄉新城，品牌38，村110；西鄉寧塞堡，品牌40，村140；寧調梁鎮西北鄉，牌60，村71。此外，天主教教區分為7卡7村。
民國初年，為便於政令的執行，省政府在錦雞兒梁設置分縣，負責訴訟和監督糧款的繳納。撤退並把縣城分成六個區:第壹區真鏡，第二區龍州，第三區鎮羅堡，第四區新城，第五區塞寧，第六區檸條梁。每個區又分幾個片區，每個片區下編卡，每張卡管理10戶。二十八年(1939)，為了鎮壓人民革命，國民政府在淪陷區實行許可制度。保險單10份:檸條4份，龍州2份，新城2份，羅真1份，真鏡1份。到了三十壹年(1942)，國統區只剩下羅真、新城、檸條8份保單。
二十四年(1935)，解放區西京邊縣轄四區二十六鄉:壹區設在姜家廟，轄八鄉；二區，位於郭家溝，轄4個鄉鎮；第三區，位於古嘴子，轄10個鄉鎮；四個區，駐地在張家瓜子，轄四個鄉鎮。同年10月，設立五個新區，即:五區，駐地二裏灣，轄六個鄉；六個區，駐地新城，轄3個鄉鎮；7區，駐地油坊；8區，居民水泥灣；9區，車站側墻溝。七八九區沒有鄉鎮可建。11月，縣、區、鄉蘇維埃政府全部被叛軍破壞。25年(1936)8月，新城縣(西京邊)蘇維埃政府成立，轄新城、羅真、巡檢、李四灣四區。
東京邊縣蘇維埃政府下轄青陽岔、龍州、茅箭、真鏡、張家畔五個區。二十五年(1936)增設清平區，轄6區28鄉。
二十六年(1937)，靖邊縣(東靖邊)、忻城縣(西靖邊)、衡山縣合並，組成靖恒縣。靖邊縣成立不久，轄青陽、清平、龍州、長城、真鏡、羅真、新城、巡檢、鳳凰九個區。後來，增加了羅箭區。
三十壹年(1942)，三邊分置鳳凰、羅箭為吳起縣。三十四年(1945)，檸條劃歸安邊縣。三十八年(1949)，撤銷吳起、安邊縣，鳳凰、羅箭、錦雞兒劃歸靖邊縣。到目前為止，有11個區，1個縣直屬水利鄉。11區轄66個鄉鎮。
1950年，吳起縣恢復後，靖邊縣鳳凰、羅箭兩區劃歸吳起縣。同時合並龍州區，靖邊縣轄8區45鄉，楊橋畔鄉仍為水利鄉直屬。1956年，全縣9個區合並為6個區，轄33個鄉鎮。此外，真鏡、王家廟和張家畔是直屬鄉鎮。
1958年，榆林特區將12縣合並為6縣，將橫山縣的石灣、麒麟溝劃歸靖邊縣。當時縣裏實現了“人民公社化”，有公社、生產大隊、生產小分隊三級管理機構，有的公社還有管理區。其中，石灣公社由王嘉良、王家峁、麒麟溝、清水溝和大水溝組成。良鎮公社由三個行政區組成:松曲、東坑和中山澗。管理區下轄生產大隊。全縣有17個公社，174個大隊，809個生產隊。
1959，良鎮公社改為國營新橋農場，廠址設在檸條梁。1961年，榆林地區縮小，衡山縣恢復，石灣公社劃歸衡山。與此同時，靖邊縣建立了七個公社，包括新農村、潘溝、高家溝、楊米澗、大路溝、橋溝灣和鐘山。並將肖劍公社改名為龍州公社。到目前為止，全縣轄23個公社，1個國營農場，177個大隊，1631個生產隊。
1963年，國營新橋農場由錦雞兒梁遷至東坑。靖邊縣在農場劃出了部分區域，增加了良鎮公社和三岔渠公社。將新農村公社並入張家畔公社。全縣轄24個公社，1個國營農場，175個大隊，1529個生產隊。1965年，張家畔公社更名為城關鎮公社，新農村公社再次分立。
1970，申家格托公社更名為小河公社，東方紅公社劃入國營農場。全縣轄26個公社，1個國營農場，194個大隊，1380個生產隊。1972，楊橋盤公社清河溝、八岔、敦曲三營劃歸衡山縣。1973，龍州公社雙城大隊劃歸青陽公社。1980，城關鎮公社更名為城關鎮。全縣有25個公社，1個鎮，1個國營農場，184個大隊，1990個生產隊。
1984年政社分開，經陜西省人民政府批準，城關鎮、青陽岔鎮、良鎮分別改為張家畔鎮、青陽岔鎮、檸條鎮。其余公社改為鄉鎮。原紅柳溝公社、石窯溝公社因與鄰縣公社同名，分別更名為周河鄉、水陸河邊鄉。部分村莊因築壩等原因管理不便，建制進行了調整:新城鄉韓家溝村後井溝、浪子溝、橋鬥臺、前溝等4個村民小組劃歸大路溝鄉；將長明山村的當岔、關草尖、白田祠、珠寶灣、寇莊等5個自然村劃為羊米尖鄉。趙官尖村齊莊被劃為水路河邊鄉。截止1989年底，全縣轄23個鄉、3個鎮、1個國有農場、205個村、5個城鎮居民區、4個分場、1685個村民小組。
截至2011年7月7日，靖邊縣轄11鎮和6個鄉:張盼鎮、東坑鎮、青陽岔鎮、寧條梁鎮、周河鎮、紅墩街鎮、楊橋盤鎮、王曲澤鎮、鐘山鎮、天賜灣鎮。取消五裏灣鄉並入周河鎮，取消大路溝鄉和楊米澗鄉合並成立楊米澗鎮，取消天賜灣鄉和橋溝灣鄉合並成立天賜灣鎮，取消高家溝鄉並入楊橋畔鎮，取消新城並入王曲澤鎮。