《潘朵拉之心》的故事起始，其實要追溯到畫面時間的壹百年前，那個慘絕人寰的沙布利耶的滅城之夜，所有的因果，全部的人物恩怨，都是由因壹夜而起。不過這個故事的敘述時間，則是在昔日曾***同對抗妄圖滅世的巴斯卡比魯子民，並取得了最終勝利的四大公爵家中，處於領袖地位的貝薩流士家下壹任家主奧茲·貝薩流士的成人儀式。 在這個儀式上，被奧茲視為摯友的侍從基爾巴特被控制，用奧茲的鮮血打開了前往關押重罪者的監獄“阿嵬茨”（另有譯作“阿比斯”）的通道，在這個脫離了時空的監牢中，奧茲在生死關頭，正式邂逅了頻頻出現在他夢中，最終改變了他壹生命運的少女愛麗絲，靈體的稱號是“染血黑兔”（又名B-Rabbit)，擁有勝過任何靈體的戰鬥力，愛麗絲與奧茲締結了非法的靈體契約，幫助奧茲從阿嵬茨回到了現實世界。 只是此刻，現實的光陰恍惚已走過了十年，昔日奧茲最重視的好友也已經長大成人，他就像壹個被拋離的孩子，在這個陌生的世界裏孤獨的幼小者。唯壹的同伴就是目前生死不明處於靈體狀態的愛麗絲。由於奧茲與愛麗絲所締結的靈體契約是非法的，所以他發揮愛麗絲的能力又是壹個極限的時間，超過此限，奧茲本身也會成為墮入阿嵬茨的低級靈體。但是倆人依舊決定在這個時間來到之前壹起戰鬥、並且生存下去，愛麗絲是為了追尋自己失去的記憶，而奧茲則是為了尋找出自己的罪名，兩人決定要在這時間已經混亂了的世界上，彼此扶持，向命運追索最終的答案。