博物館的主體建築為三個芹菜文化展廳：主廳坐北朝南高3.5米，東西14米， 6根仿古門柱分立兩邊構成典型的農家小屋外觀，外形不事張揚卻又底蘊深厚；東西二廳為左右相稱的廂房式結構，玲瓏小巧、相得益彰。走進主廳，妳將看到的是當地馬家溝芹菜這壹優良蔬菜品種的相關生產和發展情況。為了能讓觀眾對馬家溝芹菜有壹個更加全面而深入的了解，博物館主廳對芹菜的介紹分成美食文化篇、營養保健篇、品牌策略篇、歷史文化篇、政府管理篇、農藝篇、綜合篇等八個篇章，同時通過運用圖片、文字、視頻等直觀手段，確保觀眾對馬家溝芹菜有壹個直觀、形象的了解；博物館東廳則主要介紹世界芹菜與中國芹菜的歷史與現狀。在這裏，博物館將介紹給觀眾世界和中國芹菜的起源、屬性、在各地的傳播以及種類、品種差別等知識；西廳是書畫藝術廳，自古以來文人墨客對蔬菜中的芹情有獨鐘，不少書畫家也留下了自己的墨跡來表達自己對芹的喜愛之情，在這個單元妳將盡情享受“馬芹”帶給妳的那份詩情畫意。
博物館西側為壹個占地3000平方米的接待廣場，高6米、長30米的巨型宣傳畫矗立其後，氣勢磅礴。這裏不僅可以提供給來賓壹個良好的車輛停放場所而且可以用來舉辦各種戶外接待活動。廣場西側則是壹座建築面積620平方米的芹菜美食文化餐廳，造型時尚現代、舒展大方，可同時容納150人就餐，充分確保每壹位參觀者能享受到芹宴美味。