巴氏殺菌是壹種低溫消毒方法，壹般在60-100℃進行，對牛奶、果汁等飲料有很好的消毒效果。這種消毒方法的優點是可以殺死大部分細菌，延長食物的保質期，而不破壞食物原有的風味和營養價值。但由於巴氏殺菌的溫度較低，壹些抵抗力較強的細菌可能不會被完全殺死，所以保質期比較短，壹般不超過7天。
高溫殺菌是壹種高溫短時消毒方法，壹般在120℃以上進行，對各種食品都有很好的消毒效果。由於殺菌溫度高，能在短時間內殺死大部分細菌和病毒，包括壹些抵抗力強的細菌，所以殺菌效果更強。此外，高溫殺菌也可以在常溫下進行，這樣可以更長時間保持食物原有的風味和營養價值。但是，在高溫滅菌過程中可能會產生壹些有害物質，如蛋白質變性。
在選擇巴氏殺菌和高溫殺菌時，需要綜合考慮食品種類、存放時間、使用要求等因素。對於壹些需要保留原有風味和營養價值的食品，如牛奶、果汁等，巴氏殺菌更具優勢；對於壹些需要在常溫下長時間保存的食品，如罐頭、肉類等，高溫殺菌比較合適。消毒方式的具體選擇需要根據實際情況決定。
巴氏滅菌和高溫滅菌的區別
1，工作原理不同:巴氏殺菌是將混合好的原料加熱至68 ~ 70℃，並保持此溫度30分鐘，然後迅速冷卻至4-5℃。超高溫滅菌是將加熱溫度設定為135-150℃，加熱時間為2-8s，加熱後的產品符合商業無菌要求的滅菌工藝。
2.保存時間不同:巴氏殺菌後仍保留少量無害或有益的細菌或耐熱的細菌芽孢，所以巴氏殺菌乳應在4℃左右保存，壹般只能保存3~10天，最長可保存16天。產品經過超高溫瞬時殺菌後，可以在無菌環境下包裝，可以有效控制產品中的微生物總量，大大延長食品的保質期，並且由於殺菌持續時間短，最大限度地保留了產品的營養和風味。
3.不同的設備:用於巴氏滅菌的設備是巴氏滅菌器。用於高溫滅菌的設備是蒸汽或熱交換器。