反式脂肪酸對人體的危害比飽和脂肪酸更大，它不僅影響人體免疫系統，還會提高對人體有害的低密度脂蛋白膽固醇含量，降低對人體有益的高密度脂蛋白膽固醇含量，促進動脈硬化，增加血液黏稠度和凝聚力。實驗證明，攝入占熱量6%的反式脂肪酸人群比攝入占熱量2%的反式脂肪酸人群的全血凝集程度明顯增加，可見反式脂肪酸容易使人產生血栓，導致心肌梗塞和腦栓塞。反式脂肪酸能通過胎盤直接轉運給胎兒，母親攝入人造黃油可通過母乳餵養而使嬰兒被動攝入反式脂肪酸，從而減少男性荷爾蒙分泌，影響胎兒和嬰幼兒的生長發育，並對中樞神經系統的發育產生不良影響，使思維不敏捷，記憶減退。反式脂肪食品產熱多，常吃易導致人肥胖。最近，美國哈佛大學的壹個研究小組發現，反式脂肪酸是糖尿病發病的危險因素，它比飽和脂肪酸的危害更大。通過測算，如果將占食物總熱量2%的反式脂肪酸換為不飽和脂肪酸，就可使糖尿病的發生危險減少40%。
鑒於反式脂肪酸對人體健康的危害，歐洲丹麥是世界上第壹個限制食品中反式脂肪酸含量的國家，法律規定從2004年1月1日起油脂中反式脂肪含量不得超過2%；美國在2004年8月發表的飲食指南中，發出了日均反式脂肪攝入量應在攝取總熱量的1%以下的勸告。美國紐約市所有餐飲業已從2007年7月1日開始，停用反式脂肪的烹調油，並從2008年7月1日起所有餐飲業完全封殺含有反式脂肪的食品。
我國對反式脂肪在食品中應用尚無明確限制，為了減少肥胖、糖尿病和心血管疾病的發生，中老年人還是遠離反式脂肪食品為好。在購買食品時請註意配料，凡標明含精煉植物油、氫化植物油、氫化油、人造奶油、人造黃油者，請避而遠之。