鈣的作用之壹是保護細胞膜的穩定性，調節細胞內的酶活性，如刺激膜上的結合酶、根的質膜上的ATPase活性和細胞內鈣調素的存在，可能與這種鈣元素有關。鈣元素的另壹個作用是調節細胞內的陰陽離子平衡，與溶液中的草酸結合形成草酸鈣，對細胞的pH值和滲透壓有壹定的調節作用。鈣是某些酶的結構成分，與鈣調素結合能增強某些酶的活性，可能與細胞間的信息傳遞有關。
鈣是細胞膜和果膠的成分，在植物的物質運輸中起著重要作用。植物中的鈣有很大壹部分存在於細胞壁中，能與果膠結合生成鈣粘液，同時能加強細胞壁的結構，調節細胞膜的通透性。在細胞的液泡中，鈣與陰離子的中和作用會對陰陽離子的變化產生壹定的調節作用。有些植物在液泡中能形成溶解度較低的草酸鈣，對細胞浸潤過程會產生壹定的影響。鈣還能促進大豆細胞壁的形成、細胞分裂、根系增粗和生長，延緩大豆衰老。
植物從土壤中吸收的鈣的形式是Ca2+，鈣肥對大豆增產、防病、改善品質有很大作用。酸性土壤施用石灰不僅提高大豆產量，而且促進氮、磷、鉀、鎂的吸收。鈣也能增加植物的抵抗力。大豆缺鈣會增加下胚軸細胞的通透性，鉀離子外滲，導致根腐病，葉片出現典型的黃化斑，生長點壞死。鈣在園藝栽培中的作用主要包括:加強細胞壁結構和與抗氧化酶活性有關，在壹些文章中已有報道。
缺鈣會增加細胞膜的通透性，還會使細胞壁交聯解體，導致番茄、甜椒、西瓜的臍腐病，蘋果的苦痘和水心病，桃樹的縫合線軟化，果實硬度下降，甘蔗、大白菜的幹燒心或心腐，嚴重影響農產品的外觀和內在品質。缺鈣會導致頂芽、側芽、根尖等分生組織的腐爛和死亡。幼葉卷曲，葉片開始變黃，逐漸枯死，如白菜、葛巴等，有焦葉、大白菜幹燒心現象。
缺鈣嚴重影響植物的生長發育。與補鈣處理相比，缺鈣處理顯著降低了嫁接苗和自根苗葉片中可溶性總蛋白、熱穩定蛋白和可溶性糖的含量，可溶性鈣和結合鈣含量也顯著降低。在相同的低溫脅迫時間內，嫁接苗的可溶性總蛋白、熱穩定蛋白、可溶性糖、可溶性鈣和結合鈣的含量顯著高於自根苗。研究表明，鈣含量的變化是作物抗寒性強弱的內在原因，鈣對增強茄子嫁接苗碳水化合物含量，提高植物抗寒性有重要作用。