1.選擇抗病品種是控制山藥病蟲害的有效方法。培育抗病品種時，要合理布局，每2-3年輪換壹次品種，註意品種的提純復壯。
2.輪作可以減輕或避免山藥莖腐病和根結線蟲病的危害。至少3年內與玉米、小麥、蘿蔔、西瓜等未感染作物輪作1次；常年種植山藥的老區，1年應輪作1次；有條件的地區可以實行水旱輪作，防治效果更好。
3.整地可以直接消滅在土壤中越冬的病菌。選擇地勢高幹、濕度低的肥沃疏松的沙質壤土進行秋季整地，可將留在地表的病殘體轉入土壤中，加速病殘體的分解腐爛，使部分病原體經過冬季冰凍、春季幹燥後失去活力。
4、施肥、灌溉山藥是喜肥作物，整地時壹定要配施腐熟有機肥。總體來說，增施磷鉀肥有利於山藥機械組織的形成，增強對病原菌的抵抗力。氮肥施多了容易造成植株白長，莖葉組織細嫩，容易得山藥炭疽病。澆水的原則是“不旱不澆”。澆水時要用幹凈的水源，壹定要澆透。田間不能有積水，雨季要及時排水，避免根腐。
5、場地表面幹凈。田裏的雜草最好用人工根除。及時去除患病山藥的莖葉，可以減少病菌的再次感染。山藥收獲時，地面遺留的病殘體、雜草、爛莖等應焚燒或帶出田間深埋，以減少越冬病菌。
第二，化學控制
1.山藥炭疽病危害莖葉，導致莖枯落葉。防治方法:用1∶1∶150波溶液浸泡種薯10分鐘。幼苗盛花期噴50%多菌靈600倍液第壹次，10天後噴第二次。7、8月份發現用65%代森鋅可濕性粉劑500倍液、50%桿菌肽可濕性粉劑800-1000倍液、50%甲基硫菌靈700-800倍液進行處理，根據病情嚴重程度進行2-4次噴藥。每次間隔8-10天，雨後要噴藥水。
2.短體線蟲病導致植株矮化，嚴重時整株變黃死亡；塊莖患大小不壹的小瘤，影響產量和質量。防治方法:播種前，用化學藥劑處理土壤，每畝用5公斤5%甲氧肟菌酯顆粒劑與100公斤細土混合，開溝均勻撒在種薯兩側，或結合整地均勻撒施，埋深25-30厘米。
3.葉蜂叮咬山藥葉片，造成葉片嚴重脫落，影響光合作用，降低塊莖產量。噴灑2%敵百蟲3000倍液或90%結晶敵百蟲1000倍液。4.蠐螬咬塊莖，使塊莖不熟爛，味道變苦。土壤處理可用於預防和控制。每畝可使用50%辛硫磷250-300毫升，加入細土25公斤拌勻後撒入壟內。施用後可種入20cm土層，再種山藥種子。